Впервые разработка реформы основывалась на тщательном изучении опыта иностранных университетов. С этой целью министр направил членов комиссии по подготовке реформы во Францию, Пруссию и Швейцарию, надеясь, что их отчеты обогатят его проект. Другим серьезным новшеством был диалог с университетским миром, целью которого было привлечь его к проведению реформы. Такой подход был тем более удачным, что с 1858 г. была создана еще одна комиссия по изучению наиболее серьезных проблем, стоящих на пути прогресса — безденежье профессоров, слабость контактов между профессорами и студентами, изоляция русских ученых, зачастую не имеющих возможности выехать за границу и т. д. По завершении работы комиссия, сотрудничавшая с университетами, должна была предложить комплексное решение. Стремясь не терять время и воспользоваться ее трудами, Головнин расширил эту комиссию, введя в ее состав университетских экспертов. Объединив, таким образом, лиц, в чью сферу ответственности входило высшее образование, с теми, для кого была разработана реформа, он столкнулся сначала с непредвиденной трудностью: все обсуждалось слишком долго, утопая в море возражений и встречных проектов, столь же многочисленных, сколь и состав участников, и министру много раз приходилось вмешиваться самому. Но в конечном счете проявились достоинства этого открытого подхода к реформированию: ясные и четкие предложения, принятые совместно с учетом поправок и замечаний, были с согласия Государственного совета представлены императору в июне 1863 г.
Реформа основывалась на признании, которого желали все имевшие отношение к университету, университетской автономии, уже существовавшей, но с 1835 г. неоднократно урезавшейся. Преподавательский состав и административные органы становились выборными. В каждом университете профессорский состав должен был избирать ректора из своей среды на четыре года. Он возглавлял совет, также состоявший из выборных профессоров, которые несли ответственность за учебные и административные вопросы. Наконец, в рамках реформы создавалась новая инстанция, позволявшая усилить автономию университетов в то время, когда там часты были волнения: это был дисциплинарный университетский суд, состоявший из одного профессора права и двух выборных заседателей — оба также профессора; все вопросы, касавшиеся студенческой дисциплины, входили в компетенцию этого органа. Обращение к полиции или юстиции в случае волнений было предусмотрено лишь в исключительных случаях, касавшихся самых экстремальных ситуаций. Но в целом университет сам нес ответственность за общественный порядок, поведение студентов и представлял собой настоящий «храм науки». Куратор, назначавшийся министром, игравший роль связующего звена между правительством и университетом, был также гарантом их автономии, в то время как инспекторы, которые традиционно представляли министерство в университетах, теряли большую часть своих полномочий.