Конечно, его позиция по отношению к происшедшему – позиция человека, близкого к Горбачеву и пользующегося уважением во всем мире – не могла не повлиять на оценку и восприятие тбилисской трагедии не только в Грузии и Союзе, но и мировым общественным мнением. Особенно когда Шеварднадзе заявил о готовности уйти в отставку, если вся правда о событиях в Тбилиси не будет обнародована. Реакционно настроенные генералы и высокопоставленные партийные функционеры типа Лигачева не могли ему этого простить. Результатом стали ожесточенные нападки и форменная травля в коммунистической печати. Факт для политической жизни и обычаев Советского Союза из ряда вон выходящий, такого еще не было, чтобы генералы могли позволить себе публично во множестве публикаций обвинять члена Политбюро и министра иностранных дел, кем был в то время Шеварднадзе, во всех смертных грехах и в первую очередь в искажении истины и клевете на армию.
В результате Шеварднадзе попал под перекрестный огонь. Нормализовать ситуацию в Тбилиси ему удалось только обещанием объективно расследовать причины трагедии и привлечь к ответственности виновных, кем бы они ни были. Но как раз этого не хотело ни партийное руководство, ни генералы, ни руководители националистического движения, на совести которых немалая доля вины за происшедшее.
К генеральским обвинениям в сокрытии истины, в потворстве экстремистам, провокаторам и оголтелым националистам (термины взяты из статьи генерал-полковника И. Родионова "О чести армии и державы") добавились ставшие уже привычными нападки грузинской прессы, клеймившей Шеварднадзе как проводника империалистической политики Москвы, агента Кремля, врага свободы и независимости Грузии.
Последний раз в качестве члена Политбюро ЦК КПСС Э. Шеварднадзе приехал в Грузию в сентябре 1989 года. В своих выступлениях он говорил о необходимости наладить "широкий конструктивный диалог с общественностью, в том числе с представителями неформальных групп и объединений", "заложить основу для восстановления доверия между институтами власти и различными слоями населения", о необходимости "консолидации всех деятельных, прогрессивно ориентированных сил вокруг Компартии Грузии".
Но все эти усилия были напрасны – реанимировать Компартию Грузии, полностью дискредитировавшую себя в глазах народа после событий 9 апреля, было уже невозможно. Применив силу против оппозиции, руководство Компартии Грузии в апрельские дни 1989 года совершило самоубийство. Компартия полностью утратила влияние на общество. Точным отражением этого факта стало то, что спустя год на президентских выборах кандидат от Компартии (ее первый секретарь Д. Микеладзе) сумел собрать лишь 1,7% голосов. А еще через год – в августе 1991 года – аналогичная история произойдет и с КПСС, реакционная часть руководства которой попытается совершить военный переворот.