Как только колумбийские войска покинули перуанскую землю, правительство в Лиме отменило боливийскую конституцию, низложило Боливара с поста президента Перу и назначило на этот пост генерала Ла Мара. Примеру Лимы последовал Гуаякиль, где при поддержке того же сержанта Бустаманте была провозглашена независимость Эквадора, а его президентом избран все тот же Ла Map, эквадорец по рождению. Таким образом, Эквадор фактически присоединился к Перу. Сообщая об этих событиях Боливару, Сукре подчеркивал: они означают смертный приговор Республике Колумбии.
Иначе отнеслись к указанным переменам Сантандер и его сторонники. «Теперь Вы пожинаете плоды своей политики в Венесуэле, — не без злорадства говорил вице-президент Колумбии в одном из своих писем Боливару. — Не наказав, как того требовал закон, венесуэльских мятежников, Вы подорвали уважение к правительству и показали, что его можно безнаказанно поносить и оскорблять. Следствием этого явились события в Перу и Гуаякиле».
Оскорбленный Боливар сообщил Сантандеру, что прерывает с ним всякие отношения. Все же Сантандер послал Боливару еще одно, последнее письмо. Он заверял Освободителя в своей дружбе и преданности и высказывал надежду, что Боливар отнесется к нему «с таким же великодушием, с каким он относился к своим врагам и врагам родины». Намек на Паэса был более чем очевиден. «Я всегда буду желать Вам здоровья, благополучия и всегда буду любить Вас с чувством благодарности. Моя рука никогда не напишет против Вас ни строчки. И если даже Вы никогда ко мне не обратитесь, не будете считать меня своим другом, я всегда буду относиться к Вам с глубоким уважением и соответствующим почтением». Письмо заканчивалось фразой, которая казалась в данных обстоятельствах насмешкой над Боливаром: «Целую руку Вашего превосходительства, Ваш покорный и смиренный слуга Франсиско Сантандер».
Сантандер маневрировал умело. Делая вид, что между ним и Боливаром все обстоит благополучно, он созвал колумбийский конгресс, которому Боливар послал из Венесуэлы свою отставку. Подал в отставку и Сантандер. Отставка Боливара была отклонена 50 голосами против 24, в то время как против отставки Сантандера голосовало всего лишь 2 депутата. Формально, таким образом, Боливар по-прежнему президент Великой Колумбии. По совету Сантандера конгресс постановил досрочно назначить выборы в учредительное собрание. Это могло показаться уступкой Боливару, в действительности же Сантандер пошел на этот шаг, так как был уверен, что большинство учредительного собрания пойдет за ним, а не за Боливаром.