Боливия продолжала оставаться верной Освободителю, выступил в его поддержку комендант крепости в Картахене, преданный Боливару Монтилья. Но и эти опоры вскоре пошатнулись. В Ла-Пасе совершил переворот сержант Хосе Герра. Восставшие объявили о присоединении Боливии к Перу, и, хотя Сукре удалось справиться с ними, перуанские войска, сконцентрированные на границе, могли в любой момент вторгнуться в Боливию. Неблагоприятно для Боливара развивались события и в Картахане. Адмирал Падилья, мулат, геройские подвиги которого во время осады этой крепости войсками Морильо прославили его на всю Америку, свергнул Монтилью и захватил контроль над Картахеной.
Эти перемены заставили Боливара ускорить возвращение в Боготу. Сторонники Сантандера писали в газетах, что Боливар направляется в Боготу, как в свое время Морильо, — проливать кровь патриотов.
Население колумбийской столицы встретило Боливара холодно, настороженно. Тем не менее никто не решился оказать ему сопротивление. Боливар отстранил Сантандера от власти и стал выжидать результатов выборов в учредительное собрание.
Вскоре в Боготу к Боливару прибыла Мануэлита Саэнс. Он с каждым днем все больше нуждался в ее дружбе. Здоровье Боливара пошатнулось. Каракасец поседел, часто страдал от приступов головной боли и лихорадки. За вспышками энергичной деятельности все чаще наступали периоды упадка, когда Освободитель терял интерес к событиям и проявлял непонятное для окружающих безволие. С каждым днем он становился все более раздражительным и нетерпеливым.
Теперь все чаще навещали каракасца католические прелаты, настраивавшие его против Сантандера и «французских смутьянов». Боливар склонялся к мысли, что церковь и есть та сила, которая поможет ему победить противников. Разве Наполеон, когда наводил порядок во Франции, не обратился за поддержкой к католической церкви? Он поступит так же. Он возвратит церкви ее былые привилегии, взамен священники станут его агитаторами. Простой народ все еще продолжает верить в бога и слушаться священников. Вслед за церковниками к Боливару потянулись противники республиканских порядков, все те, кто мечтал восстановить свое былое влияние, сласть, богатство; среди них было много бывших явных и тайных сторонников испанцев. И они, притворяясь его друзьями, предлагали ему содействие и поддержку в борьбе с Сантандером.
Выборы в учредительное собрание не оправдали ожидании Боливара. В то время как Сантандер и его сторонники не жалели усилий, чтобы обеспечить победу своим людям, Боливар не вмешивался в избирательную кампанию, слепо веря в поражение партии Сантандера. Однако большинство в учредительном собрании получили его противники. Среди избранных депутатов оказался и сам Сантандер. 9 апреля 1828 года учредительное собрание начало свою работу в городе Оканье. Боливар сосредоточил вооруженные силы поблизости от этого места, в селении Букараманге, куда сам перебрался со своим штабом. Освободитель надеялся, что его присутствие в Букараманге воздействует на депутатов и заставит их пойти на уступки. Сознавая, что учредительное собрание, в котором преобладали сторонники Сантандера, даже под угрозой применения силы не одобрит боливийской конституции, Освободитель в своем послании депутатам не настаивал на пожизненном президентстве, но советовал наделить президента всеми атрибутами исполнительной власти и установить централистскую форму правления.