Совещание в Новосибирске стало началом конца «Русского центра программирования». «Герман Греф жестко вмешался в процесс, — вспоминал один из чиновников, знакомый с ситуацией. — Он как либеральный фундаменталист-рыночник сказал, что мы задумали развивать отдельные отрасли, а это не по-либеральному, так не полагается, надо создать механизм универсальной поддержки экономики. И выдвинул контрконцепцию „особых экономических зон“. Сотрудники Грефа выудили откуда-то старый законопроект, который готовился под промышленную автосборку в Калининграде. Концепция подходила для крупных промышленных компаний, но совсем не годилась для IT-производств».
Тем не менее законопроект был утвержден и принят. В России началось создание закрытых территорий, резидентам которых предлагался пакет льгот. На развитие инноваций должны были работать четыре технико-внедренческие зоны: в Дубне, Томске, Зеленограде и Санкт-Петербурге. Их резидентам предлагались нулевые налоги на имущество, землю, транспорт, снижение до 20 % ставки налога на прибыль, предусматривалось снижение до 14 % ставки единого социального налога. На создание инфраструктуры ОЭЗ из бюджета было выделено более 40 млрд руб. Планировалось, что до конца 2010 г. государство потратит на это проект еще примерно 180 млрд.
Программа универсальной поддержки экономики, придуманная Грефом, развивалась ни шатко ни валко, несколько раз менялись управляющие проектом. В конечном счете Федеральное агентство по управлению ОЭЗ было ликвидировано, а его полномочия переданы в МЭРТ. Как писали эксперты Института экономики переходного периода, «общеэкономический климат настолько неблагоприятен для инноваций, что создание закрытых территорий не может улучшить условия для инновационной деятельности. Кроме того, у резидентов зон нет весомых экономических стимулов заниматься технологическими инновациями» [9].
«В Дубне на средства из бюджета построили бизнес-центр, конгресс-центр, спорткомплекс с бассейном — эдакую „потемкинскую деревню“, — говорил мне Карачинский. — Но никакого Русского центра программирования, конечно же, не получилось. Людям просто негде было жить. В концепции ОЭЗ не было прописано самого главного — механизма приобретения доступного жилья. Потому запустить процесс интеллектуальной миграции не получилось».
С тех пор Анатолий Карачинский охладел к идее «перевоспитания» российского рынка в целом и полностью сосредоточился на развитии собственного бизнеса, который в итоге обошелся без Дубны. В 2005 г. холдинг IBS первой из российских IT-компаний провел частное размещение своих акций, по итогам которого акционеры выручили 109 млн долл.