Его участие в переговорном процессе было логичным. Казалось, что воспитаннику советской научной школы будет проще найти общий язык с российской стороной. Но получилось в точности до наоборот: Александр Клибанов довольно быстро вступил со своими бывшими соотечественниками в неразрешимый конфликт. «Александр Клибанов очень разумный человек, и большинство из того, что он предлагал, в конечном итоге было сделано, — говорил один из участников переговоров. — Но он встал на позицию диктата условий сколковской команде и при этом был очень резок. Мог, например, сказать, что его собеседники ничего не понимают, потому им лучше заткнуться и послушать, что говорят умные люди. Пока он таким образом пикировался с Олегом Алексеевым, человеком очень спокойным, это еще сходило ему с рук. Но Клибанов умудрился поссориться с академической частью Сколково, в частности с руководителями Консультативного научного совета нобелевскими лауреатами Жоресом Алфёровым и Роджером Корнбергом».
В чем была суть конфликта? Александр Клибанов выражал глубокое неверие в то, что в России можно что-то делать честно и публично. Он считал, что тут все делается исходя из принципа «ты — мне, я — тебе», что человек не может выражать свою точку зрения открыто, публично, независимо, вынужден учитывать давление, связи и зависимости. Потому Клибанов предлагал сделать роль MIT в становлении Сколково более значимой и распространить ее не только на помощь в создании университета и систему преподавания, но и на совместные исследования. Во главе каждого из 15 центров технологического превосходства должны встать люди из MIT или, правильнее сказать, отобранные MIT. Они должны определять программы развития этих центров, их кадровый состав и обладать исключительным правом при отборе исследовательских проектов. Таким образом, на каждом проекте, который бы осуществлялся университетом, на каждой инициативе стоял бы знак качества MIT, и это являлось гарантом прозрачности. В этом случае и модель управления исследованиями и их коммерциализацией, которую так хотели перенять в Сколково, передавалась бы более эффективно. Все это было очень разумно с точки зрения эффективности процесса, но опрометчиво по отношению к академическому (не только российскому!) лобби. Это означало, что Жорес Алфёров, профессор Стэнфордского университета Роджер Корнберг и многие другие видные ученые, вовлеченные в проект «Сколково», лишались рычагов влияния. Могли ли они на это пойти? Конечно нет. В итоге по настоянию российской стороны Александр Клибанов был заменен.