В 44 году Иоанн лишился своего брата. Апостол Иаков Зеведеев все это время жил в Иерусалиме, в смирении служа делу Евангелия вместе с другими апостолами из числа двенадцати. Он был схвачен по приказу Ирода Агриппы, который в тщетных попытках стяжать популярность решил угодить фарисеям тем, что начал репрессии против инакомыслящих. Иаков Зеведеев был обезглавлен без всякого суда (Деян 12.1 и след.). Видя, что такая расправа вызвала одобрение влиятельных фанатиков, Агриппа решил устроить публичный процесс и над апостолом Петром и в пасхальные дни приказал заключить его в крепость. Апостол спасся из темницы чудом. Между тем, очевидно, Иоанн еще не прибыл в Иерусалим и главой местной общины считался Иаков, «Брат Господень». Преступный царь Агриппа вскоре скончался от тяжелой и мучительной болезни.
На Соборе в Иерусалиме в 51 году, где обсуждался вопрос о том, должны ли обращенные из язычников соблюдать закон Моисеев, присутствовал и Иоанн. «Иаков и Кифа и Иоанн, почитаемые столпами, — писал об этой встрече ап. Павел, — подали мне и Варнаве руку общения, чтобы нам идти к язычникам, а им к обрезанным» (Гал 2.9). Из этих слов видно, что апостол Иоанн был признаваем на Иерусалимском Соборе столпом Церкви наряду с Петром и Иаковом Праведным и своей задачей почитал проповедь среди иудеев. Эту миссию он начал вместе с Петром в Малой Азии и прилежащих областях. Петр странствовал с проповедью по Каппадокии, Вифинии, Галатии, Асии и Понту (1 Петр 1.1). Ап. Иоанн обосновался в Эфесе и явился духовным руководителем общин восточного побережья провинции Асии — в городах Фиатире, Пергаме, Сардисе, Филадельфии, Лаодикии и Смирне (Откр 1.11). О том, что именно Эфес был местопребыванием апостола, можно заключить из следующих фактов.
Перечень Церквей в Откровении начинается с этого города, на Эфес указывает и общецерковное предание, сохраненное Евсевием. Наконец, самое важное свидетельство в этом отношении исходит от св. Поликарпа Смирнского. Св. Поликарп был сожжен на костре во время гонений в 155 году>12. В это время ему было 86 лет (Окружное поел. Смирнской Церкви о мученичестве св. Поликарпа, IX), и, следовательно, он родился около 69 года, когда апостолу Иоанну было около шестидесяти лет. Свидетельство Поликарпа о пребывании Иоанна в Малой Азии передает св. Ириней Лионский (120–190) в письме к Флорину. Поликарп может быть авторитетным свидетелем как человек, лично знавший Иоанна около 90 года, то есть незадолго до его смерти. А он не сомневается в том, что апостол жил в Малой Азии, и именно в Эфесе (Евсевий Памфил, Церковная история, IV, XIV).