Однако со второй половины 20-х гг. триумфальное шествие «устряловщины» начинает встречать все более заметные препоны. Сначала прекращается регулярный выход на европейскую аудиторию — приказывают долго жить «Смена вех» и «Накануне». Затем обрубается московский канал — в 1926 г. запрещена «Россия». Большинство былых сподвижников из сменовеховцев превращаются в банальных «коммуноидов». Осложняется обстановка и в Харбине, после 1927 г. заканчивается сотрудничество с «Новостями жизни», газеты «Герольд Харбина», «День юриста», «Утро» оказываются лишь временными пристанищами. Новые сочинения все чаще приходится издавать брошюрами за свой счет. Меняются и общественные настроения: в городе усиливается японское влияние, все громче заявляют о себе правые и фашистские организации. В ноябре 1933 г. закрывается Центральная библиотека КВЖД. В июне 1934 г. из-за политических разногласий с руководством и частью преподавателей Юридического факультета Николай Васильевич вынужден уйти оттуда. Харбинское «гнездо» разорено: искать нового в Европе или вернуться на родину? Основатель национал-большевизма выбирает второе. 2 июня 1935 г., вскоре после продажи КВЖД Маньчжурии, он с семьей приезжает в СССР.
Сначала все складывается хорошо: Устрялов — профессор экономической географии в Московском институте инженеров транспорта, его статьи появляются в «Правде» и «Известиях». Но уже 6 июня 1937 г. он арестован по липовому обвинению в сотрудничестве с японской разведкой и связи с Тухачевским, а 14 сентября того же года — приговорен к расстрелу. В тот же день приговор приведен в исполнение. Прах Н.В. Устрялова покоится на кладбище Донского монастыря.
Большие мыслители порой, подобно истинным поэтам, бессознательно предсказывают свою судьбу. «Харбинский одиночка» назвал даже приблизительную дату своих похорон. В 1930 г. он обмолвился в одной из статей: «Лучше ежовые руковицы (курсив мой. — С.С.) отечественной диктатуры, чем бархатные перчатки цивилизованных соседей». Судьба словно джинн из восточной сказки послушно выполнила вырвавшееся пожелание…
Наталья Сергеевна Устрялова, выйдя из ГУЛАГа, попыталась в 1955—1956-х гг. восстановить доброе имя мужа, но ей сообщили, что «основания для опротестовывания приговора отсутствуют». Лишь много лет спустя, благодаря хлопотам невестки философа Е.И. Устряловой (вдовы его сына Сергея Николаевича), 20 сентября 1989 г. Пленум Верховного Суда СССР реабилитировал «Устрялова Н.В.» Осталась, впрочем, гораздо более важная задача — реабилитировать его мысль.