Тяжёлая атмосфера августовских дней 1939 года давала о себе знать и в Немцовижне. Война чувствовалась повсюду.
Генрик уже готовился к отъезду в Сувалки. Новый учебный год он должен был начать в третьем классе гимназии. Однако события, разразившиеся 1 сентября 1939 года, всё изменили в его жизни.
Немцы захватили сувалкскую землю быстро и почти без боя. Пришла оккупация. Фольксдойче принялись жестоко расправляться с польским населением. Началось массовое выселение поляков. Бандитскими методами крестьян изгоняли из родных гнёзд, грабили их имущество.
Взгляды Мерецкого известны были окружающим, но его выселение всё же оказалось внезапным. Только один час был дан на то, чтобы упаковать пожитки. Хозяйство Мерецких занял фольксдойче Яруч.
Их выселили ближе к литовской границе, в село Иодалишки. Генрик быстро сжился с местным населением, научился говорить по-литовски. Освоил также и немецкий — он понимал, что, когда придёт час расплаты, знание языка врага может очень пригодиться.
Жизнь в Иодалишках была однообразной. Немцы сюда заглядывали редко. Вести в основном приносил Генрик, а они были разными. Однако всегда говорилось о скором окончании войны.
Работы в хозяйстве отца было немного, поэтому Генрик часто на несколько дней исчезал из дому. Бывал в Плочичне у лесника Александра Попко, с которым целыми днями бродил по пуще. В Сувалках навещал семью Мадоньских, где встречался со своей школьной подругой Крысей. В этом доме собиралось много старых знакомых. Обмепивались вестями, предсказывали скорый конец войны. Надежды связывали с весной и летом 1940 года.
Хотя люди и говорили, что конец войны близок, Генрик в своём тайнике понемногу накапливал оружие. Отт имел уже пистолет, несколько винтовок, гранаты, боеприпасы и другое, военное снаряжение.
Весна и лето 1940 года развеяли надежды на быстрое окончание войны. Оккупационный террор усиливался. Арест и расстрел группы Белицкого, массовые облавы и вывоз интеллигенции, прежде всего учителей, в концлагеря были большим потрясением для всей Сувальщины. Это переживал, пожалуй, каждый человек. Затронуло это и Генрика. Многие из его близких оказались в концентрационных лагерях или были вывезены в глубь Германии на принудительные работы.
Генрик быстро установил связь с одной из подпольных групп. Уже осенью 1940 года он стал членом этой организации. Среди подпольщиков он знал двоих: Тадеуша Лютостаньского и Анджея Дзичковского (подпольная кличка — Гроза). Он поддерживал с ними связь. По их поручению вербовал новых людей, собирал оружие, распространял подпольные газеты. Агент гестапо и предатель Эдвард Варакомский не знал Генрика, поэтому во время массовых арестов парень уцелел.