Фигура Стефана Вонифатьева в окружении Алексея Михайловича столь же ключевая, сколь и таинственная. Его биография полна пробелов. Неизвестны точная дата и место рождения протопопа. Одни исследователи называют родиной будущего царского духовника Новгород, другие, опираясь на факт хранения синодика с записью рода Вонифатьевых в Макарьевском Желтоводском монастыре, склоняются к другому Новгороду — уже Нижнему[144].
Не ясно, как, когда и каким образом Вонифатьев оказался в столице. По мнению исследователей, около 1645 года он стал царским духовником[145]. Как истинный ревнитель, Вонифатьев стремился придать своему служению то значение, какое было изначально заложено в исповедальном чине. В нем духовный отец представал не просто «послухом» покаявшегося пред Богом, но как бы ответчиком за содеянное и потому — безусловным и неограниченным нравственным руководителем, «поручником», которому предстояло привести духовное чадо «в вышний Иерусалим». Покаяльного отца следовало беспрекословно слушаться и почитать «яко Бога». Древнее «Слово о покаянии» сравнивало духовного сына с нивой, которая без «делателя» — духовника — рождает лишь сорные травы. А Вонифатьев хотел собрать богатый урожай!
Конечно, здесь чрезвычайно важен был нравственный облик самого духовника. Для молодого царя благовещенский протопоп стал авторитетом бесспорным. «Муж благоразумен и житием добродетелен, слово учительно во устах имея» — так характеризовала Вонифатьева панегирическая литература.
Нестяжатель по духу, Вонифатьев призывал бояр творить «суд правый без мзды, и не на лица зряще да судят». В стоянии за Правду он не побоялся в феврале 1649 года обрушиться на членов Освященного собора, которые отклонили предложение ревнителей о строгом соблюдении «единогласия» во время церковных служб. При этом казавшийся до сих пор человеком ровным и покладистым, царский духовник вдруг обнаружил неожиданный темперамент, приоткрыв, быть может, свою истинную сущность. Между тем горячность Стефана вполне объяснима: для ревнителей литургия — главное звено во внутреннем единении верующего с Богом. Достижимо же подобное при единогласном пении. Отсюда и требование протопопа петь везде «единогласно», не делая различия для уставов монастырских, где пели единогласно, и приходских «многогласных» церквей.
Выступление протопопа сильно задело патриарха Иосифа. Дело было не просто в произнесении «хульных словес» о пастырях. Слова Стефана — вольный пересказ слов апостола Павла против ложных пастырей: «…Не вы ли влезли в стадо, не вы ли те свирепые волки?.. Не вы ли не жалеете стада?» Оскорбленный патриарх Иосиф потребовал «дати на него, Стефана, собор»