Иов был первым московским патриархом, тесно связанным с Борисом Годуновым. Естественно, что восторжествовавшему Лжедмитрию он оказался неугоден. По приказу Самозванца Иов был сведен с патриаршего престола и отправлен в Старицкий монастырь, где скончался в 1607 году.
Другим страстотерпцем стал московский патриарх Гермоген, отличавшийся необычайной твердостью и силой духа. Еще будучи казанским митрополитом, он осмелился требовать перекрещивания Марины Мнишек, за что поплатился ссылкой. Возведенный при Василии Шуйском в патриархи, Гермоген оказался чуть ли не единственным, кто осудил низложение царя-неудачника. Не потому, что питал слабость к «боярскому царю», а потому что предугадывал катастрофические последствия подобного шага. Когда настал черед избрания королевича Владислава, то Гермоген выставил непременным условием принятие королевичем православной веры. Нарушение польской стороной этой статьи позволило патриарху освободить русских людей от клятвоцелования Владиславу. Тогда же Гермоген призвал всех православных к защите веры и к борьбе с интервентами. Призыв не остался неуслышанным: ранней весной 1611 года под Москвой появилось Первое ополчение.
Позднее, после распада Первого ополчения, когда для очищения столицы в Нижнем было создано новое ополчение, поляки и их сторонники из числа русских «доброхотов» стали понуждать патриарха отказать ополченцам в благословении. Гермоген в ответ пригрозил анафемой противникам князя Пожарского. Дело будто бы дошло до обнаженного ножа в руках Михаила Салтыкова, с которым тот бросился на «столпа веры». Патриарх не дрогнул — оборонился крестом и проклял своих мучителей. Тогда Гермогена, «безчестно связавши», сволокли с патриаршего двора в Чудов монастырь. Умер он в феврале 1612 года, уморенный голодом, но непокоренный и несмирившийся.
Митрополит Филипп Колычев едва ли не единственный осмелился публично выступить против бессудных опал Ивана Грозного. Митрополит исполнил свой долг, осудив неблагочестивые деяния кровавого царя. Это потребовало немалого человеческого мужества. По приказу царя послушные иерархи низвергли Филиппа. Бывший митрополит был сослан в Тверской Отрочь монастырь. Но мстительный царь и здесь не оставил строптивого старца в покое. В декабре 1569 года царский приспешник Малюта Скуратов явился в келью Филиппа и, исполняя волю главного опричника, задушил его «возглавьем» — подушкой. В 1591 году по челобитью Соловецкой братии останки Филиппа, бывшего некогда игуменом северной обители, перевезли из Отроча монастыря на Соловки, в церковь Зосимы и Савватия.