Однако положение его было трудное. Невозможно было получить ни откуда ни подкреплений, ни даже известий. И французские отряды были совершенно предоставлены собственным силам среди чуждой природы и враждебного населения. Но Наполеон не знал, что значит отчаиваться или теряться. Не взирая на то, что он оказался почти отрезанным от Франции, он все же старался укрепить свое положение в Египте и почти очистил его от мамелюков, которых разбил наголову, а остатки их отрядов заставил отступить к Нильским порогам. Арабов и коптов он старался привлечь на свою сторону и все народности допустил к местному самоуправлению. Он завел типографии и учредил Египетский институт, президентом которого назначил Монжа. Известно, какое огромное значение в области египтологии имели работы этого института. Но эта мирная работа была прервана войной. Народ, недовольный контрибуциями, разоружением и налагаемыми на него повинностями, взбунтовался. Было произведено нападение на французские посты, но Наполеон с неумолимой строгостью и жестокостью подавил восстание и, созвав улемов в Каире, сказал им следующее: «Объявите народу, что тот, кто умышленно восстанет против меня, не найдет спасения ни на этом, ни на том свете. Разве есть такие слепые, чтобы не видеть, что судьба руководит каждым моим шагом или есть такие неверующие, чтобы сомневаться, что все в этом мире подчиняется судьбе?… Я могу потребовать отчета за каждую сокровеннейшую мысль, так как я знаю все, что от меня скрывают! Придет день — и всем станет ясно, что я следую высшим велениям и никакие человеческие усилия против меня ничего не поделают!»…
Наполеон почти ничего не знал, что делается в Европе, и не ожидал, что Абукирская битва так скоро окажет влияние на европейскую политику, и Франция будет свергнута с той высоты, на которую он возвел ее своими победами. Правда, существуют указания на то, что, уезжая в Египет, где он рассчитывал покрыть себя новой военной славой, он предвидел, что Франция может потерпеть поражение, и тогда все обратятся к нему. Но коалиционная война началась все же раньше, чем он думал. Само собой разумеется, что и турки тотчас же перешли в ряды врагов Франции. Наполеон был в Суэце, разыскивал следы древнего канала — он мечтал о прорытии Суэзского перешейка и соединении двух морей, когда получил известие о наступлении турецких войск. В его распоряжении оставалось только 13.000 солдат, но тем не менее он тотчас же выступил на границу Сирии. Вместе со своими солдатами он совершил чудеса храбрости, но в то же время и ужасающие жестокости. Он взял турецкие форты, а три тысячи человек, сдавшихся ему, он расстрелял на берегу. В его оправдание приводится то, что у него не было средств прокормить такое количество военнопленных. Но весьма вероятно, что он имел в виду произвести устрашающее действие на врага. Однако он ошибся. В крепости Сен-Жан д'Акра, резиденции паши, он наткнулся на такое стойкое сопротивление, какого ожидать не мог. Оказалось, что там были англичане, явившиеся на помощь туркам, и Наполеон должен был отступить. Возвращение назад по жгучим пескам пустыни было ужасно. Солдаты были совершенно истощены и брели как тени. Болезни опустошали их ряды не меньше, чем неприятельские пули. Но едва они дотащились до Каира, как снова пришлось выступить против врага, вдвое превышавшего их силы. Произошла беспримерная битва на мысе Абукира. Французы дрались с мужеством отчаяния, так как для них тут все было поставлено на карту. И они совершили чудеса. Шесть тысяч турок погибли, частью от пуль, частью же были оттеснены к морю и погибли в его волнах. Четыре тысячи положили оружие, и ни один из них не ушел.