Пребывание Наполеона в Египте и Сирии продолжалось почти два года, с 1797 по 1799 год. О своем возвращении в Европу он уже подумывал осенью 1797 года, как только до него дошли известия о коалиционной войне. Когда же Франция начала терпеть неудачу за неудачей, то директория сама пожелала призвать Наполеона, для того чтобы он стал во главе республиканских армий. Но письмо директории не дошло до него. Когда же он узнал из английских газет о том, что творится во Франции, где директория потеряла всякое значение, и о положении Франции на театре войны, то решил, не дожидаясь разрешения из Парижа, прямо ехать туда. Египетскую колонию, о которой мечтал Наполеон, все равно нельзя было сохранить при отсутствии всякой поддержки со стороны Франции, теперь обессиленной и ожидающей нашествия врагов. Спасти Францию могли только новые победы, но на море они были уже невозможны после Абукира, и оставалось только сражаться на суше.
Наполеона много раз обвиняли в том, что он покинул остатки своей армии в Египте, под начальством генерала Клебера (вскоре убитого одним туземцем-фанатиком), и бежал во Францию, исключительно преследуя свои личные интересы и надеясь на развалинах власти директории создать свою собственную власть. Несомненно, конечно, что он тогда уже мечтал о господстве во Франции, но судьба его была тесно связана с судьбой Франции, и, спасая свое дело, он спасал и Францию.
Сорок восемь дней носился он по морю, прежде чем достиг, наконец, берегов Франции. Несколько раз он подвергался опасности попасть в руки англичан. С изумительной смелостью он проскользнул ночью, потушив огни, мимо английского крейсера, которому Нельсон, не подозревавший, впрочем, о дерзкоотважном поступке Наполеона, поручил сторожить морской проход между мысом Бон и Мальтой.
Маленькая эскадра Наполеона, состоявшая из трех кораблей, наконец, благополучно достигла Аяччио, и Наполеон, опять увидел свою родину, которую он должен был покинуть шесть лет тому назад, как изгнанник, осыпаемый проклятиями своих соотечественников. Теперь же население Аяччио встречало его восторженно. В глазах пылких корсиканцев он был героем, прославившим своими победами корсиканское имя. В толпе, которая, не взирая на карантин, установленный из опасения чумной заразы (в египетских войсках чума производила большие опустошения), теснилась к кораблям, находилась одна крестьянка, которая, увидав Наполеона на палубе фрегата, закричала ему по-итальянски: «Сын мой! Сын мой!» — и Наполеон радостно закивал ей, крича: «Матушка! Матушка!» Оказалось, что это была его кормилица, пришедшая взглянуть на своего питомца. Он не забыл потом о ней, когда достиг вершины могущества, и осыпал щедрыми милостями ее и ее семью.