Родились в семье Шмуэля трое детей — сын и две дочери. Но недолгим оказалось семейное счастье Шмуэля: Россия не хотела, не могла смириться с потерей своих территорий и, собрав большую армию, начала кампанию по освобождению захваченных поляками и литовцами земель. Койданов оказался первым на пути русской армии, и, естественно, ему досталось: «московичи» уничтожили город, жестоко расправились с жителями. Среди немногих выживших оказалась и семья Шмуэля Койдановера — ей удалось добраться до Вильнюса. Быть может, так решила судьба, чтоб было кому поведать о том, что произошло в Койданове в ту пору. Беды семьи Шмуэля Махаршака на этом не закончились: в 1655 году казаки вместе с армией «московичей» подошли к Вильнюсу. Разумеется, евреи поспешили покинуть город. Шмуэль Махаршак, уложив в телегу книги — самое большое свое богатство, вместе с семьей вслед за телегой пешком отправился на юг.
В предисловии к своей книге «Молитва жертвоприношения» он поведал, что произошло с ним и его семьей во время этого путешествия. Они вынуждены были бежать в 1656 году из польского Люблина в один из самых радостных для евреев день — праздник Кущей[7]. Вблизи Люблина семью настиг один из отрядов Богдана Хмельницкого. Уничтожив библиотеку, вдоволь поиздевавшись над женой и дочерьми, казаки убили их. Шмуэлю же, раненому, истекающему кровью, вместе с сыном удалось добраться до Моравии. Там еврейская община, немало наслышанная о нем, приняла его и поддержала. (Здесь заметим: во время чудовищной резни, учиненной Хмельницким, было уничтожено около 800 еврейских общин.) В Моравии Шмуэль, побывавший раввином в Брно, Пельзени, издал немало своих сочинений, большая часть которых до нас, увы, не дошла. Шмуэля Махаршака почитали как одного из мудрейших раввинов того времени. Он отличался остротой ума, глубоким знанием Священного Писания. Его книги, такие как «Молитва жертвоприношения» (1669), «Молитва Шмуэля» (1682) и «Искусство Шмуэля» (1683), не потеряли своей значимости и сегодня.
Шмуэль Махаршак прожил 62 года. Он служил раввином во многих еврейских общинах Моравии, Германии, Польши. Более всего его любили и ценили за честность и преданность вере.
Сын его — Гирш Шмуэль Койдановер Махаршак выбрал дорогу отца. Он вернулся из Кракова в Вильнюс, узнав о происшедшем в его родном городе жесточайшем еврейском погроме. Гирш Махаршак сделал многое для возрождения в Вильнюсе еврейской общины. Но истинную славу обрел благодаря своим учениям, изложенным в нескольких книгах. Гирш Койдановер был раввином во многих еврейских общинах Литвы, а позже — в Минске.