Чтобы иметь средства к существованию в период между двумя постановками праздничной феерии, Леонардо вынужден быть открыть мастерскую с учениками и помощниками, которая, по примеру мастерской Верроккьо, виделась ему многопрофильной. Это должно было обеспечивать ей предпринимательский успех. Леонардо нравилась роль хозяина мастерской. Он проявлял большое терпение, требуя от своих учеников, чтобы те усваивали основы мастерства последовательно и серьезно. Он не позволял молодежи, не достигшей двадцати лет, прикасаться к кистям и краскам, разрешая им работать только граверным резцом. Говорят, что множество молодых людей, собранных в его мастерской, обеспечили ей славу и престиж. И здесь Леонардо окружил себя толпой красивой шумной молодежи. Его первые биографы, его современники, которых с большим основанием можно было бы назвать агиографами, имели склонность петь ему дифирамбы. К тому времени уже вошло в привычку говорить о Леонардо только в превосходных степенях.
У него было мало учеников, и ни один из них, пройдя его школу, не стал великим художником. Все они лишь подражали ему, не обладая его новаторским потенциалом. Подражание в живописи допустимо лишь на стадии ученичества. Сам же он был не таков. Чем бы он ни занимался, за что бы ни брался, им всегда двигало любопытство. Знать и понимать – его девиз. Так, в конце 1480-х годов он опять принимается за анатомические исследования. Его вклад в эту область, прогресс, которому он способствовал своей деятельностью, существенно превышают его достижения в других сферах научного поиска. Он исследовал и зарисовывал строение человеческого тела с научной добросовестностью и неведомой доселе точностью. И в этом он проявил себя новатором.
Нужно было обладать смелостью и непоколебимым упорством, чтобы заниматься этими исследованиями, тогда еще несколько подозрительными в доктринальном плане, да к тому же еще требующими слишком малоприятных манипуляций с дурно пахнущими трупами при отсутствии какой-либо системы замораживания. При этом Леонардо проявил готовность применять метод конкретного исследования для верификации данных, содержащихся в трудах античных ученых – Галена, Гиппократа, Аристотеля. Их труды считались непререкаемым авторитетом для всех медицинских школ. Леонардо подверг их практической проверке. Что же касается современных ему врачей, то они, открыто не выступая против его исследований, все же считали эти «отвратительные манипуляции» совершенно бесполезными для своей науки. Традиционалисты тогда рассматривали анатомические исследования как неуместное, а в ряде случаев и скандальное любопытство, аргументируя свою позицию тем, что человек сотворен по образу и подобию Божию, поэтому предосудительно пытаться исследовать его строение, как если бы речь шла о каком-то механическом устройстве.