Отношение османов к христианам и евреям продолжало традиции Магомета и раннего халифата, а также доисламской империи Ближнего Востока. До тех пор пока те или иные религиозные сообщества платили налоги и проявляли политическую лояльность, им разрешалась автономия и к ним относились толерантно во всем, что касалось их религиозной и культурной жизни. Гораздо более суровая позиция традиционно занималась по отношению к схизматикам и еретикам внутри доминирующей имперской религии, особенно если их дело поддерживалось извне враждебными державами. В ранней османской истории наиболее жестокое отношение к религиозным меньшинствам наблюдалось при Селиме I и было направлено против шиитского населения Анатолии, На обеих сторонах политической и религиозной границы между османами и Сефевидами соперничающие режимы прибегали к беспощадному кровопролитию, изгнанию и насильственному обращению мусульманских сообществ, которые правителями суннитов и шиитов считались еретиками и политически подрывными элементами.
Восточная Анатолия и Закавказье в дальнейшем так и не смогли избавиться от последствий соперничества между этими двумя империями, всегда приводившему к жестоким конфликтам между местными суннитами, шиитами и христианами и повсюду сопровождавшимся широкомасштабной резней и изгнанием населения. Как мы увидим, Российской империи тоже было суждено пострадать от этой региональной традиции, И русские, и османские власти боялись, что меньшинства, исповедующие одну религию с внешним врагом, впоследствии могут сыграть роль троянского коня. В начале двадцатого века отношение османов к армянскому населению Восточной Анатолии во многом определялось подобными страхами. Отдавая османам справедливость, приходится признать, что все предыдущие альянсы христианских меньшинств с великими державами давали им (османам) основательные поводы для беспокойства. Армянский геноцид, беспрецедентный по масштабам и жестокости, должен до известной степени рассматриваться в контексте упомянутой региональной традиции.
Этот этнический конфликт и последовавшее за ним кровопролитие совсем не похожи на гораздо более толерантное поведение правителей Османской империи в начале ее существования. «Проще быть толерантным, когда ты силен, чем когда ты слаб и чувствуешь себя в опасности». Отношение османов к христианам и евреям, по сути, напрямую связано с тем, какое место в османском обществе занимала религия. Хотя в эпоху своего расцвета османский режим регулировал некоторые аспекты экономической и культурной жизни, в целом роль политических властей в исламском обществе была жестко ограничена. Повседневная жизнь почти полностью регламентировалась религиозным законом - шариатом. Он не только определял семейную и культурную жизнь и вопросы образования, но и оказывал значительное влияние на экономику и даже на политику в широком смысле слова. Таким образом, для османских властей вполне логично было оставить вопросы образования, семейной, культурной и общественной жизни на усмотрение сообществ религиозных меньшинств, требуя взамен, чтобы эти сообщества соблюдали закон, платили налоги и были лояльными по отношению к султану. Это было квинтэссенцией так называемой системы милетов которая регулировала взаимоотношения османского режима с немусульманами. Хотя, строго говоря, сам термин является анахронизмом, если применять его к событиям, происходившим до девятнадцатого века, он (термин), тем не менее, является удобным символом такого типа имперских межэтнических отношений, которые гарантировали лояльность правителям и культурную автономию большому числу подвластных им этнических и религиозных групп.