Существо подготовки состояло в необходимости развернутого строительства жилья для офицеров, прапорщиков и членов их семей, жилых, служебных и хозяйственных помещений для размещения выводимого контингента войск, восстановлении учебных центров и создании фактически заново учебно-материальной базы. За годы пребывания на сопредельной территории в гарнизонах были сосредоточены значительные запасы материальных средств, необходимые для жизни, быта и ведения боевых действий в условиях войны. Их необходимо было вывезти на базу пограничных отрядов на территории СССР. Особое место в планах вывода войск занимало создание условий для беспрепятственного движения войск на маршрутах вывода и минимизации возможного огневого воздействия бандформирований. Также необходимо было подготовить к маршу личный состав и боевую технику, организовать работу всех служб тыла по приему мотоманевренных групп, согласовать участие местных советских и партийных органов во встрече наших военнослужащих.
Со всеми этими задачами в основном справились успешно. В короткие сроки были мобилизованы все ресурсы Главного управления пограничных войск и округа. С пониманием отнеслись к решению наших проблем руководители Туркмении, Узбекистана и Таджикистана, которые выделили силы и средства для строительства многоквартирных жилых домов в поселке «Керки», городе Термезе, поселке «Московский». Силами Военно-строительного отряда (ВСО) округа были возведены дома в городах Серахс, Тахта-Базар, Мары, Термез, Хорог. Прямым назначением со всего Союза в части округа шли строительные материалы. Контроль и помощь в строительстве осуществлял заместитель начальника Пограничных войск КГБ СССР генерал-лейтенант В. С. Донсков. Непосредственное руководство на местах осуществляли начальник тыла округа полковник И. М. Наконечный и начальник ВСО округа полковник Ганичев. Высокие организаторские способности проявили начальники пограничных отрядов афганского направления в то время полковники Н.С. Резниченко (Тахта-Базар), В.В. Самохин (Керки), В. Дмитренко (Термез), И. А. Харковчук (Пяндж), М. М. Валиев (Московский), К. В. Тоцкий (Хорог). Не ослабляя внимания охране государственной границы, они создали временные строительные группы из числа военнослужащих имеющих строительные специальности, местных специалистов и по утвержденным проектам организовали строительство казарм для размещения личного состава подлежащих выводу подразделений. Решением командования Пограничных войск в распоряжение округа были приданы две бригады специалистов по бурению скважин с техникой, которые провели разведку и бурение скважин на воду в местах дислокации выводимых подразделений, а также обеспечили водой несколько пограничных застав, где ранее ее привозили за многие километры.