Подготовка к увольнению шла полным ходом, когда начальники Пянджского и Термезского пограничных отрядов доложили о поступивших на их имя письменных просьбах солдат и сержантов о продлении сроков их службы до полного вывода войск из Афганистана. Мотивировка этих просьб состояла в том, что молодое пополнение не обладает в полной мере необходимыми навыками и умениями, что может привести к потерям в случае боевых столкновений в ходе вывода войск. Сложившаяся ситуация была тщательно изучена офицерами Политуправления, желающим и по семейным обстоятельствам было предложено уволиться, но остались практически все.
К концу января 1988 года готовность к выводу войск была проверена начальником пограничных войск КГБ СССР генералом армии В. А. Матросовым, были уточнены все детали предстоящей операции, сформированы оперативные группы на направлениях: Керкинском-Тахтабазарском- во главе с начальником Оперативной группы ГУПВ генерал-лейтенантом Г. А. Згерским; на Термезском — во главе с начальником войск округа; на Пянджско — Московском — во главе с начальником Оперативной группы округа генерал- майором А. Н. Мартовицким, на Хорогском — во главе с заместителем начальника войск Восточного пограничного округа генерал- майором Харичевым. Одна из мотоманевренных групп Тахта-Базарского пограничного отряда, после выхода из Афганистана предназначалась для усиления охраны Зульфагарского прохода на стыке границ СССР, Ирана и Афганистана, по которому контрабандисты белуджских племен Афганистана проносили наркотики в Иран и далее в Европу, зачастую используя территорию СССР. Этой операцией руководил заместитель начальника войск САПО генрал-майор А. С. Владимиров. Общее руководство выводом войск осуществляли из Москвы генерал армии В. А. Матросов и генерал- полковник И. П. Вертелко.
Собственно операция была начата 20 января 1988 года с вывода из мест постоянной дислокации наших мотоманевренных групп, которые находились на значительном удалении от основных сил пограничных войск, под постоянным воздействием враждебно настроенных бандформирований, на тактически выгодные рубежи. Вывод прикрывался пограничной авиацией, силами и средствами частей 40 Армии. В период с 2 по 15 февраля авиацией округа на советскую территорию были сняты подразделения, дислоцированные в нашей зоне ответственности без боевой техники, и продолжен вывод в районы сосредоточения, исключающие огневое воздействие противника, некоторых других мотоманевренных групп (Кайсар, Мармоль, Нанабад, Рустак и др.)
15 февраля 1989 года все подразделения пограничных войск под прикрытием авиации одновременно совершили марш протяженностью от 20 до 70 километров, пересекли государственную границу по пяти основным маршрутам, и к исходу дня сосредоточились в заранее подготовленных пунктах постоянной дислокации вдоль границы, но теперь уже с задачей не допустить вооруженного вторжения на советскую территорию. Переправа через р. Аму-Дарью на Фарьябско — Керкинском направлении осуществлялась с использованием паромной переправы; на Кундузско-Пянджском — понтонной переправы. Остальные подразделения переправились по мосту в районе города Термез и вброд на Даркаде.