Каждый СБО получал определенную зону ответственности и конкретную задачу не допустить в этой зоне провокаций на границе и защитить местное население от бандитов. Они несли службу путем выставления засад на путях миграции бандгрупп, организации рейдов вдоль границы обороны ключевых районов на подступах к населенным пунктам. В короткие сроки пограничным подразделениям, при активной поддержке пограничной авиации, проводящей воздушную разведку и наносящей ракетные и бомбовые удары по скоплениям мятежников, удавалось обезопасить границу и защитить местное население, чем заслужили уважение и благодарность жителей афганского приграничья.
Например, в 1980 году было принято решение заменить батальон 40-й армии, оборонявший район вблизи крупного афганского селения Гюльхана (Северный Бадахшан) подразделением пограничных войск. Возглавлявший подразделение командир, обнаружив большую группу местных жителей, стоящих вдоль дороги и державших в руках подношения нашим солдатам, попросил старосту селения собрать жителей для беседы. Когда люди робко подошли к командиру, он через переводчика пояснил им, что советское подразделение пришло для оказания помощи местным жителям, поэтому, когда жители будут испытывать нужду в предметах первой необходимости (соль, мука, керосин), то пусть приходят, им будет обязательно оказана помощь.
Этот случай в короткое время стал известен во всех северных провинциях Афганистана и, хотя мы и не афишировали свою принадлежность к погранвойскам, от местных жителей скрыть это не удалось. Они поняли, что там, где находятся пограничники, никто их обижать не станет, а наоборот выручат в трудную минуту.
По инициативе местных властей и с нашей активной помощью была организована приграничная торговля между Таджикистаном и Афганистаном. В это же время активно завозилась и раздавалась нуждающимся гуманитарная помощь. Все это в будущем помогло пограничным органам разведки создать в короткое время надежные оперативные позиции, что во многих случаях помогло упреждать действия противника и избежать больших потерь.
Вторым периодом деятельности наших пограничных войск на территории Афганистана можно назвать период с января 1982 года до момента объявления афганским руководством решения о национальном примирении 1986 года.
Это было время самых активных боевых действий, так как в конце 1981 года руководство нашей страны приняло решение о введении пограничных войск в северные провинции Афганистана. Войскам была отведена полоса ответственности на глубину в среднем 100–120 километров, так называемая «зеленка», до рокадной дороги, соединяющей центры северных провинций. Было приказано ликвидировать организованный бандитизм в этой полосе и расположенные в ней и вблизи ее базы хранения оружия, боеприпасов и других материальных ценностей.