В 1215 г. папа римский Иннокентий III снова призвал к крестовому походу. Возглавить его пообещал Фридрих II Гогенштауфен, который стремился заручиться папской поддержкой в борьбе с Оттоном IV за императорский трон. Армия западноевропейских крестоносцев, которых сопровождал папский легат кардинал Пелагий, прибыла в Акру и объединилась с войсками короля Иерусалима Иоанна II Вриенского, отрядами Орденов госпитальеров и тамплиеров, а также с войсками, набранными в ближневосточных государствах крестоносцев (1217-1218 гг.). В мае 1219 г. крестоносцы начали осаду Дамиетты. Тем временем Франциск Ассизский и его ученики предпринимали попытки обратить в христианство воинов мусульманской армии. Их приняли за шпионов и пожелали расправиться с ними, но египетский султан сохранил им жизнь. В ноябре 1219 г. Дамиетта пала под ударами христиан, но затем в течение почти года крестоносцы безуспешно ожидали прибытия Фридриха II Гогенштауфена с его войсками. В начале 1221 г. на помощь крестоносцам прибыли великий магистр Тевтонского ордена Герман фон Зальц и герцог Баварский Людовик. Армия султана аль-Камиля численно намного превышала армию крестоносцев. В июне 1221 г. крестоносцы по приказу папского легата Пелагия начали наступление на Каир, и христианские войска осадили египетскую крепость Эль-Мансуру. Аль-Камиль предлагал христианам мир на выгодных условиях возвращения крестоносцам Иерусалима и других территорий Святой земли в обмен на Дамиетту, но его предложения встретили решительный отказ Пелагия и переговоры были прекращены. Тем временем египетский флот перекрыл реку, по которой войску христиан доставлялись припасы. Последовавший разлив Нила грозил крестоносцам голодной смертью. Ситуация резко изменилась в пользу мусульман, в этих условиях крестоносцам пришлось пойти на заключение крайне невыгодного для себя мира, по которому они возвращали мусульманам Дамиетту, а в обмен получали несколько важных реликвий. Было заключено перемирие на восьмилетний срок. Таким образом, V Крестовый поход не принес существенных результатов христианскому миру.
VI Крестовый поход был предпринят Фридрихом II Гогенштауфеном, который дал обет папе Григорию IX. В 1227 г. германский император отплыл из Сицилии в Сирию, но вспыхнувшая в среде крестоносцев эпидемия лихорадки помешала осуществлению намеченных планов. Фридриху II пришлось вернуться на Сицилию. Тем не менее папа воспринял это как нежелание императора выполнить обет крестоносца. Отношения между папой и императором осложнились и из-за попыток императора включить Южноитальянское королевство в состав Священной Римской империи. В 1228 г. Фридрих II снова отплыл в Святую землю, не испросив разрешения папы. В ответ на эти действия Григорий IX вторично объявил о его отлучении и лишил его права на ленное владение Южной Италией. Папские войска осадили Неаполь. Между тем Фридрих II прибыл в Палестину. Местные крестоносцы отказались помогать отлученному от церкви императору, и лишь его собственное войско и рыцари Тевтонского ордена подчинялись его приказам. Искусно проведя дипломатические переговоры с мусульманскими правителями, Фридрих II добился того, чтобы христианам уступили Иерусалим, Назарет и Вифлеем, а также полоску земли, связывающую Иерусалим с морем. Прибыв в Иерусалим, Фридрих II короновался в феврале 1229 г. и принял титул иерусалимского короля, женившись на дочери Иоанна II Вриенского. Со времен Готфрида Бульонского никто не добивался более значительных уступок от мусульман. Но именно постольку, поскольку речь шла о мирных договоренностях между императором и мусульманскими правителями, некоторые историки отказываются рассматривать события 1228-1229 гг. как крестовый поход.