После шестилетнего правления Адольфа Нассауского (1292-1298), при котором началась новая смута, был избран сын Рудольфа Альбрехт 1 Габс-бург, продолживший политику централизации. В 1308 г. он был убит, и на немецкий трон вступил первый представитель династии Люксембургов, который сумел сделать своего сына королем Чехии, подчинить мятежные итальянские города и, преодолевая сопротивление гвельфов, короноваться в Риме под именем Генриха VII. Смерть от лихорадки в 1313 г. помешала ему продолжить объединение имперских земель, которое вызвало надежды и одобрение поэта Данте Алигьери.
Борьбу с папами в Италии, которую облегчало начавшееся «Авиньонское пленение», на протяжении более 30 лет вел и новоизбранный король из другого немецкого дома, Виттельсбахов, Людовик (Людвиг) IV. В Германии он успешно справлялся со своим конкурентом из рода Габсбургов Фридрихом III Красивым. В борьбе с папой Людовик Баварский опирался на помощь францисканских мыслителей, преподавателей Парижского университета Марсилия Падуанского и Жана Жандена. Они развивали теорию первенства государства, совершенной формы сообщества, основанного на народном суверенитете и сословном представительстве, над церковью как социальным институтом. В отношении церкви они выдвинули принцип кон-циляризма, т.е. примата собора высшего духовенства над папой. К сторонникам конциляризма принадлежал также Уильям Оккам, ранний предшественник протестантской Реформы, утверждавший, что спасение зависит только от воли Божьей. В Авиньоне он был признан еретиком и бежал ко двору императора.
Последние годы жизни Людовика были осложнены борьбой с новым претендентом на престол, Карлом IV Люксембургом, избранным в 1346 г. по настоянию папы Климента VI, воспитанником которого он являлся. Став полноправным монархом (Людовик в 1347 г. скончался), Карл вел себя примерно так же, как и его предшественники, т.е. собирал свой собственный домен, пытался укрепить свою власть в Италии и враждовал с папством, а также со все новыми претендентами на престол, сменявшими друг друга в первые годы его правления. Действуя подкупом и заключая династические союзы, Карл утвердился на германском троне и в 1355 г. венчался в Риме императорской короной. К своим родовым владениям он присоединил территории на Востоке: Бранденбург, Силезию и Лужицкие земли.
Особое внимание он уделял Чехии, где находилась его столица - Прага. Он украсил город многими постройками (в их числе знаменитый Карлов мост), основал архиепископство и Пражский университет (1348 г.). Важнейшим событием царствования Карла IV было издание в 1356 г. Золотой буллы, утвержденной на рейхстагах. Еще в 1338 г. курфюрсты постановили, что для избрания германского короля и императора Священной Римской империи достаточно решения их коллегии. Теперь это решение было закреплено императорским указом. «Золотая булла», устанавливавшая церемониальные обязанности участников выборов, де-факто констатировала, что избрание короля является привилегией семерых курфюрстов и для него достаточно простого большинства голосов, одобрения папы для этого уже не требовалось. Курфюрсты официально наделялись значительными правами и привилегиями: на чеканку собственной монеты, регалию (собственность на недра), на сбор пошлин и другими. «Золотая булла» упорядочила избрание верховной власти в Германии и была в тот момент выгодна для императора, но вместе с тем она на столетия закрепила всевластие князей.