Не имея ресурсов вести военные действия одновременно по нескольким направлениям, Палеолог предпочел заключить мирные соглашения с недавними противниками. Сумев заручиться поддержкой константинопольских греков, он на время отвел угрозу вмешательства императора Балдуина. Михаил VIII искал помощи у римского папы, с представителями которого обсуждал перспективу унии между церквями. Впрочем, этот шаг императора вызвал недовольство никейцев и обострил негативное к нему отношение в среде православного духовенства. Благодаря посланному в Тырново Георгию Акрополиту Палеолог развеял собственные опасения относительно грядущего столкновения с Болгарским царством; греческой делегации удалось убедить Константина I Тиха в добром намерении Никейской империи и необходимости сохранения прочных политических и экономических связей между двумя государствами.
Однако дипломатические миссии, направленные в Эпирское царство и Ахейское (Морейское) княжество, провалились, и перед Никеей встала острая необходимость готовиться к масштабной войне. Возглавивший кампанию брат императора Иоанн Палеолог, сыграв на противоречиях союзников, внес раскол в военную коалицию Михаила II, Гильома II Виллардуэна, сицилийского короля Манфреда и правителя Фессалии Иоанна. В итоге в 1259 г. в битве у Пелагонии принимали участие лишь сицилийские и ахейские отряды сил антиникейской коалиции. Иоанн Палеолог одержал сокрушительную победу: пленил цвет греческой и латинской военной аристократии (включая самого Гильома II Виллардуэна) и продвинулся в глубь вражеской территории. Начав осаду столицы Эпирского царства Арты, он вынудил Михаила II к бегству. Впрочем, вскоре тот вернул утраченное.
Силы Латинской империи таяли на глазах, антиникейская коалиция фактически распалась, лишь только венецианский флот отделял Палеолога от столицы древней Византии - Константинополя. Обезопасив границы Никейской державы от монгольской угрозы, Михаил VIII в 1261 г. заключил соглашение с генуэзцами. Ему пришлось заплатить высокую цену (предоставив налоговые и торговые льготы, право приоритетного пользования портами и т.д.) за союз с итальянской республикой, союз, который по сути ничего кроме разорения не принес никейской стороне.
Успешное наступление войск Эпирского (Михаил II) и Сицилийского (Манфред) государств подтолкнуло Михаила VIII к решающим действиям. В течение 1261 г. были мобилизованы значительные военные силы, и уже 15 августа при умелом руководстве полководца Алексея Стратигопу-ла и поддержке населения древней столицы Палеолог вступил в Константинополь.