В государстве вырабатывалась система административного деления и управления территориями, осуществлялись реформы календаря и обычного права, создавалась унифицированная версия истории и проводились иные преобразования. Прежде разрозненные общины Андской области встраивались в единую вертикаль власти, внутренняя регламентация которой была основана на десятеричной системе, позволявшей выстроить иерархию от пяти домохозяйств до провинции (уамани) в 40 тыс. семей.
Началось превращение Куско в имперскую столицу, возведенную по единому плану. 15 кварталов каменных зданий были соединены мощеными улицами, в центре располагалась огромная плошадь, разделенная на две части: Аукайпата предназначалась для массовых народных празднеств, Куси-пата - для военных парадов. Два каменных водовода обеспечивали подачу жителям чистой живительной влаги, а система складов-колькас на окраинах гарантировала стабильное продовольственное снабжение. Символами величия и власти инков стали Кориканча - Храм Солнца и другие культовые сооружения, дворцы-резиденции правителей, школы для отпрысков знатных семейств, жилые дома инков, которые только им позволялось покрывать золотыми пластинами. Над городом возвышались могучие стены и башни крепости Саксауман.
Уайна Капаку, властвовавшему с 1493 по 1525 г., досталась гигантская держава, восточные границы которой он попытался расширить, сражаясь с индейцами чанапоя. Воинственные племена (гуарани, диагита) и влажные тропические леса сдержали экспансию инков. Занесенная из Старого Света в Америку оспа, покорившая Тауантинсуйю раньше конкистадоров, произвела опустошения и среди правящей элиты. Уайна Капак скончался, не назначив наследника престола. Двое из его сыновей Уаскар (1525-1532) и Атауальпа (1532-1533) развернули борьбу за контроль над Куско, не осознав угрозы в соратниках Ф. Писарро, появившихся у северного побережья страны.
Власть инков соединила в единое целое территории Андской области, где с I тысячелетия до н.э. существовали земледельческие цивилизации Чавин, Паракас, Наска, Мочика, Тиауанако и другие, чьи преемники во II тысячелетии н.э. создали ряд локальных политических образований, крупнейшим из которых было государство Чимор. На юге Тауантинсуйю простиралось до земель воинственных арауканов, границей стала р. Мауле. Северными пределами оказались южные районы Колумбии. Страна была разделена на четыре области (северную - Чинчасуйю, западную - Контисуйю, южную - Кольясуйю и восточную - Антисуйю), что отражалось в ее названии (Тауантинсуйю на языке кечуа - «четыре соединенные между собой стороны света»).