По мере роста государства увеличивалось влияние его главы - Сапа Инки («Единственного Инки»), считавшегося земным богом. Его власть была неограниченной, как и в восточных деспотиях, хотя правитель традиционно прислушивался к мнению «королевского совета», состоявшего из четырех высших сановников, к которым по мере необходимости присоединялись влиятельные представители аристократии высшего ранга (ок. 20 чел.), контролировавшие разные направления государственной деятельности.
Для Сапа Инки возводилась отдельная резиденция, где после смерти правителя хранилась его священная мумия (мальки). Забальзамированные тела правителей располагались в храме перед изображением Солнца, созерцать их считалось великой честью. В ноябре во время праздника Айя Маркай Ки-лья мумии наряжали в лучшие одежды, выносили из святилища и выставляли в людных местах. Им подносили еду и напитки, перед ними устраивались пляски, затем, поместив предков на носилки, с ними ходили из дома в дом. По завершении торжеств мумии возвращали на прежнее место. Забота об останках умерших правителей и их официальных жен была одной из важнейших обязанностей их сородичей - «инков по крови».
В Тауантинсуйю различали «инков по крови» и «инков по привилегии». Представителям первой группы доставались высшие посты в государстве. Они являлись сановниками, военачальниками, наместниками крупных административных образований, инспекторами (тукуйрикуку), амаутами (мудрецами), составляли верхушку жречества. «Инки по крови» входили в
12 королевских панак (кусканских общин), объединявших потомков одного из правителей, их родственников и обслуживающую челядь, распоряжались имуществом крупных корпоративных дворцовых хозяйств, которое являлось их коллективной собственностью. Контроль над материальными и человеческими ресурсами регионов и разграничение сфер влияния панак облегчало деление Тауантинсуйю на четыре области. Хотя панака могла объединять тысячу и более человек, чистокровных инков было меньше, чем постов в непрерывно растущих армии и бюрократическом аппарате. Правящую элиту пополняли снизу «инки по привилегии», которыми становились возвышенные правителем представители служилой знати и лица с особыми заслугами. Благодаря их активной роли в делах управления, в Тауантинсуйю на 10 тыс. семей приходилось свыше 3 тыс. должностных лиц. Высокий статус инков всемерно подчеркивался: они получали право проживания в Куско, обучения детей в специальных школах, использования ткани кумбе, растягивания мочек ушей крупными вставками и т.д.