Водоразделом в ашкеназской средневековой истории считается конец XI -XII в., когда после серии еврейских погромов, устроенных в прирейнских городах участниками I Крестового похода, взаимоотношения евреев с христианским обществом, церковью и короной стали неуклонно ухудшаться, причем рост враждебности нашел отражение как в христианских, так и в ашкеназских источниках.
Масштабные погромы повторились в преддверии II Крестового похода во Франции и III - в Англии. Кроме того, стали происходить локальные погромы — как вследствие наветов, так и в связи с событиями христианского годового цикла (прежде всего погромы в Страстную неделю). Росту отчужденности евреев способствовало сегрегационное законодательство, особенно активно внедряемое церковью начиная с IV Латеранского собора (1215 г.): оно требовало минимизации дружеских и повседневных контактов иудеев с христианами, ношения особой одежды и(ли) знаков на одежде, проживания в отдельных кварталах (последняя мера светскими властями трактовалась также как защита от погромов). Насильственное отчуждение вело к демонизации, в 40-е годы XII в. в Германии и Англии евреи впервые подверглись обвинению в ритуальном убийстве христианских детей, имитирующем распятие Христа, в XIII в. в этот сюжет добавилась тема использования крови младенца в еврейских пасхальных ритуалах или в магических целях («кровавый навет»). Получили распространение также другие обвинения (в осквернении гостии, в убийстве евреями-врачами своих пациентов, в отравлении источников воды — последний навет приобрел особую популярность в середине XIV в., во время и после «Черной смерти»).
Еврейское население постепенно лишилось права владеть землей и рабами и полностью перебралось в города, где не выдержало конкуренции с христианскими ремесленными цехами и купеческими гильдиями, доступ в которые евреям был закрыт. Еврейское ремесло и торговля сохранились в основном лишь в городах с крупными еврейскими общинами и, соответственно, наличием внутреннего еврейского рынка. Вытеснение евреев из других сфер деятельности вкупе с запретом ростовшичества христианам на III Лате-ранском соборе (1179 г.) привело к занятию евреями этой профессиональной ниши вплоть до синонимизации понятий «еврей» и «ростовщик» в народном сознании, что также способствовало росту юдофобских настроений.
Церковь в XII-XIII вв. изменила формат иудео-христианской полемики, запретив неформальные споры о вере и участие мирян в подобных беседах. Вместо этого стали проводиться официальные диспуты-суды (Парижский диспут 1240 г., Барселонский диспут 1263 г., Тортосский диспут 1413-1414 гг.) с заранее назначенными участниками и оглашенной программой, с судьями в лице королей, архиепископов и магистров монашеских орденов, с предопределенными целями: такие диспуты приводили к осуждению иудаизма и сожжению Талмудов, к дискредитации раввинов-ответчиков и добровольному крещению евреев.