Позднее убийство Петухова пристегнут к другим обвинениям в убийствах и повесят все на Алексея Пичугина — первого из арестованных летом 2003 года юкосовцев. Алексей в прошлом майор госбезопасности, сотрудник военной контрразведки, который после увольнения из органов в 1994 году пришел работать в службу безопасности банка МЕНАТЕП. В день убийства Петухова его в Юганске не было. На момент ареста он возглавлял отдел внутренней экономической безопасности компании ЮКОС. Владимир Путин, который очень раздражается, когда его спрашивают о «деле ЮКОСа», с завидным упорством повторяет один и тот же аргумент, который в его глазах оправдывает все, что происходит с несколькими десятками сидящих по «делу ЮКОСа» руководителей и сотрудников компании: на компании якобы висят трупы, Пичугин действовал якобы по указанию и в интересах своих хозяев. Это его любимая аргументация — не налоги и не украденная до последней капли нефть, что уже давно звучит как анекдот, а трупы, хотя ни Ходорковскому, ни Лебедеву, ни кому-либо из находящихся в заключении, подобного рода обвинения никогда не предъявлялись. Я уверена, что, арестовывая Пичугина, силовики надеялись, что со «своим» договорятся и он, чтобы выйти из тюрьмы, даст показания против руководства компании. А обвинения в убийствах — это беспроигрышная тема. Это не экономические преступления. Тут уж точно ни политики, ни симпатии к обвиняемым, ни упреков в предвзятости ожидать не придется.
Эта задумка провалилась. Алексей не признал себя виновным ни по одному эпизоду, не перевел стрелки ни на кого из начальства и как заказчик убийств был осужден в 2007 году на пожизненное заключение. За соучастие в убийствах и покушениях, по тем же эпизодам, что и Пичугина, в 2008 году заочно осудили, и тоже пожизненно, Леонида Невзлина. Обвинения против них, как и обвинения против Ходорковского, Лебедева и сотрудников компании, развалились бы в любом нормальном, не предвзятом суде. О «деле Пичугина» написана книга, так что составить собственное впечатление не сложно. Как отметил, выступая в суде по делу Пичугина и позднее по делу Невзлина, Алексей Кондауров, «это абсолютная липа, и концы с концами не сходятся».
Леонид Невзлин: Показания давали бандиты, осужденные на длительные сроки и сидевшие в местах заключения. Они взяли на себя все убийства и покушения и сказали, что это по заказу Пичугина. На этих показаниях засудили и Пичугина, и меня. Они же давали показания по поводу убийства Петухова. Алиби Пичугина и мое не проверяли. Например, никто не поинтересовался графиком моих передвижений. Чтобы стало понятно: мне там написали, что я в один день был в Волгограде с бандитами, а в другой день в Москве в гостинице «Салют» тоже с бандитами и с Пичугиным. Я ни в Волгограде не был, ни в гостинице «Салют» не был и с Пичугиным нигде не был, но следователи никогда не удосужились проверить, где и с кем я был в эти дни, чтобы не напороться на алиби. Ни сроков, ни дат, ни мест пребывания ни у Пичугина, ни у меня не проверяли вообще. А в моем деле вообще было сильно: пара уголовников в суде отказались от своих показаний и сказали, что следователь им обещал уменьшение срока наказания и за это они оговорили Пичугина и Невзлина. А судья приняла решение не принимать показания этих людей в суде на веру, а использовать показания, данные ими в ходе следствия. По-моему, это беспрецедентное решение.