Эд Робертс, возглавлявший «МИТС», говорит, что с Гейтсом «невозможно было иметь дело. Он был, без преувеличений, испорченным ребенком, и в этом состояла вся проблема». Роберте продал «МИТС» «Пертек корпорейшн», которой в конце концов пришлось улаживать конфликт с «Майкрософтом» в арбитражном суде. Этот посредник был первым в долгой истории третейских судей, вынужденных вправлять мозги «Майкрософту». «Майкрософт» выиграл. Балмер вернулся в Калифорнию и поступил в Стэнфордскую школу бизнеса (выпуск 1981 года), с большими ожиданиями и большой самоуверенностью. По словам тетки Балмера Ольги Дворкин, в то время он даже не думал переезжать в Сиэтл или работать в «Майкрософте».
Стэнфордская школа бизнеса была основана в 1925 году по предложению выпускника Стэнфорда и будущего президента Герберта Гувера. Как раз перед поступлением Балмера декан, бывший президент «Форда» Арджей Миллер, ушел в отставку, и со следующего года был назначен Рене Макферсон. Макферсон, бывший председатель правления «Дана корпорейшн», одной из десяти компаний, о которых рассказывалось в бестселлере Тома Питерса «В поисках совершенства», чувствовал ветры перемен и понимал, что Стэнфорд соперничает с Гарвардом — в том числе и из-за поощрения и поддержки создания нового бизнеса. Кроме того, в «Дане» любимой мантрой Макферсона было «Подвергать сомнению авторитеты». Это прекрасно подходило кампусу, где в 1975 году студенты проголосовали за изменение прозвища школы с «Индейцы» на «Бароны-разбойники», в честь группы безжалостных воров конца девятнадцатого века, к которой принадлежал основатель школы Лиланд Стэнфорд. Администрация тотчас же отменила это решение, и был выбран темно-красный кардинальский — не в честь птицы — цвет.
Официальным названием учебного заведения было Стэнфордская Высшая школа бизнеса (ВШБ), и в ее консультативный совет входили: Томас Мерфи, председатель правления «Дженерал моторс», Фрэнк Кэри, председатель правления «Ай-би-эм», Джон Янг, президент «Хьюлетт — Паккард», и Уоррен Баффет, глава частной инвестиционной фирмы «Беркшир Хэтауэй». ВШБ соперничала с Гарвардом за звание лучшей аспирантуры для бизнесменов. Через несколько лет студенты ВШБ начнут говорить соперникам из Гарварда: «Вы посещали школу бизнеса класса Б. Жаль, что вы не попали в школу класса А».
Балмер поступил в класс 260, и товарищи вспоминают его теми же словами, что и сокурсники по Гарварду: «горластый», «маниакальный», «неугомонный». Но в отличие от гарвардцев никто из стэнфордцев не захотел говорить для печати. Вместе с ним учились: Фрэнк Куаттрон, будущий глава «Креди Суисс фест Бостон текнолоджи груп», венчурный капиталист Винод Хосла и Дуг Бергам, будущий глава «Грейт плейнс софтвеар», купленной «Майкрософтом» в 2001 году (Бергам остался старшим вице-президентом «Майкрософта»).