За свою сравнительно непродолжительную жизнь (1891–1954) С. С. Юдин, благодаря его необычайной трудоспособности и, безусловно, гениальности, внес огромный личный вклад в развитие не только отечественной хирургии, трансфутеологии, способов анестезии, но и множества других направлений в медицине, которые были общепризнанны во всем мире.
За его пионерские и новаторские разработки ему было присвоено звание Заслуженного деятеля науки, дважды лауреата Государственной премии СССР (1942, 1948), лауреата Ленинской премии (1962, посмертно), в конце Великой Отечественной войны он принял участие в основании Академии медицинских наук СССР, и одним из первых был избран ее действительным членом, а также почетным членом Английского королевского Колледжа хирургов, Американской Ассоциации хирургов, Французской хирургической академии, Пражского, Каталонского обществ хирургов, Почетным доктором Сорбонны.
За огромные заслуги перед отечественным здравоохранением он был награжден правительственными наградами: орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды, а также почетными медалями.
Судьба его оказалась сложной и трагичной, как, впрочем, и многих других выдающихся ученых нашей страны. Вспомним здесь, например, судьбу А. Н. Туполева, С. П. Королева, маршала К. К. Рокоссовского и многих других известных советских ученых и видных общественных деятелей. Но все же, несмотря на все сложности его жизненного пути, Сергей Сергеевич всегда считал себя счастливым человеком.
По мнению А. И. Солженицына, после коммунистического переворота было уничтожено около 100 млн наилучших русских умов. Кстати придумали концлагеря Ленин, Дзержинский, Блюхер и целый ряд других партийных идеологов и функционеров, а впоследствии их идею у себя в Германии перенял Гитлер.
Академик Б. В. Петровский в предисловии к незаконченной рукописи С. С. Юдина «Размышления хирурга», написанной в тюрьме на Лубянке на листках туалетной бумаги, которую Сергей Сергеевич научился склеивать жеваным хлебом, и вышедшей в свет только в 1968 г. (через 14 лет после его смерти), писал: «В памяти современников он останется величайшим мастером хирургии, который достиг в этой области виртуозной техники и высокой степени совершенства… Если в искусстве хирургии мы можем сравнить Юдина с другими талантливыми врачами, оставившими после себя громкую славу, то личность Юдина остается неповторимой, несущей в себе особое творческое очарование. Его яркость побуждала к творчеству, и в этом смысле Юдина надо назвать счастливым…