Во время войн 1654–1658 гг. царь часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 г. он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 г. на духовном соборе, под председательством Александрийского и Антиохийского патриархов, Никон был лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654–1667 гг.) царь Алексей лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильне и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба не производилась лишь на поверхности дерева по русскому обычаю, а стала фигурной, во вкусе рококо.
Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 г., он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 г.; мятежники были перевешаны. В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбив караван гостя Шорина в 1667 г., Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 г. он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял черемис, чува, мордву, татар, но под Симбирском разбит был князем Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 г. Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенко. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1668 г.), снова перешел на сторону Москвы, но был свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 г. избран Иван Самойлович. Между тем турецкий султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась двадцатилетним миром лишь в 1681 г.