Из внутренних распоряжений при царе Алексее замечательны: запрещение (в 1648 г.) беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть черными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями (лавками и проч.) на посаде; окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей к месту жительства; переход воспрещен был в 1648 г. не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам. Основаны новые центральные учреждения, каковы приказы: Тайных дел (не позже 1658 г.), Хлебный (не позже 1663 г.), Рейтарский (с 1651 г.), Счетных дел (упоминается с 1657 г.), занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский (упоминается с 1649 г.), Литовский (1656–1667), Монастырский (1648–1677). В финансовом отношение сделано также несколько преобразований: в 1646 и последующих годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины; указом от 30 апреля 1654 г. запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп, и велено было зачислить в рублевые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 г. (не позже 3 марта) ввиду недостатка денежных средств выпущены медные деньги. Вскоре (с 1658 г.) медный рубль стал цениться в 10, 12, а в шестидесятых годах даже в 20 и 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж 25 июля 1662 г. Мятеж усмирен обещанием царя наказать виновных и высылкою стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 г. велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем, выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани. В области законодательства: составлено и издано Уложение (печаталось в первый раз 7—20 мая 1649 г.) и пополняющие его в некоторых отношениях: Новоторговый устав 1667 г, Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 г., Новоуказные статьи о поместьях 1676 г. При царе Алексее продолжалось колонизационное движение в Сибирь. Прославились в этом отношении А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Основаны Нерчинск (1658 г.), Иркутск (1659 г.), Селенгинск (1666 г.).
В последние годы правления царя Алексея при дворе особенно возвысился А. С. Матвеев. Через два года по смерти М. И. Милославской (4 марта 1669 г.) царь женился на его родственнице, Наталье Кирилловне Нарышкиной. 22 янв. 1671 г. Матвеев, поклонник западноевропейских обычаев, давал театральные представления, на которые ходил не только сам царь, но и царица, царевичи и царевны (например 2 ноября 1672 г. в селе Преображенском). 1 сентября 1674 г. царь «объявил» сына своего Федора народу как наследника престола, а под 30 января 1676 г. умер, 47 лет от роду.