Из всех строгоновских владений первым война, начавшаяся 22 июня 1941 года, затронула Волышово. Уже 6 июля понадобилась эвакуация детей, престарелых граждан, табуна племенного поголовья, имущества конного завода. По воспоминаниям старожила села А.И. Антоновой, «мужчин и юношей по дороге призывали в армию, в большом обозе оставались постепенно одни женщины с малыми детьми и стариками. Девушек, женщин и даже 13-летних девочек — всех посадили на лошадей. Шли так: средняя лошадь под седоком, а еще по две лошади по бокам в поводу. Отправляясь в путь, люди надеялись на скорое окончание войны и не взяли с собой никакого имущества, даже теплой одежды на случай зимы. На каждые две семьи было выделено по одной телеге». В начале обоз достиг Крестецкого района Новгородской области, затем отправился в Калининскую (Тверскую) область, где был конезавод. Спешили, останавливались только затем, чтобы накормить и напоить лошадей, чаще всего у ручьев или болотин. Неоднократно подвергались бомбежке.
Наконец, спустя год 20 июля 1942 года прибыли в Кировскую область — конечную точку маршрута. Пасли лошадей на острове. «Кругом вода, а вдобавок еще голодные волки по ночам нередко переплывали реку и задирали лошадей. Дочку крошку похоронила еще по дороге туда, вторая дочь умерла уже в Косино, а чтобы прокормить мальчишек, приходилось отнимать у волков куски задранных лошадей. Вот какой ценой сохранили люди главное богатство конезавода — племенных лошадей. Детей не сохранили, а лошадей спасли». Это, бесспорно, формула спасения строгоновского наследия, ибо бывшие строгоновские служащие или просто крестьяне, самоотверженно сохраняли наследие, доставшиеся от господ.
Волышовские кони оставались в Кировской области до 1944 года, когда война уже покинула территорию СССР. Относительно в неплохом состоянии многочисленные здания Волышова оставались до 1990-х годов, когда вначале временно для ремонта главного дома перевели в новое здание школу. А затем экономические проблемы и распад СССР нанесли непоправимый удар по 6-му Государственному конезаводу. Он фактически перестал существовать. Реставрация не началась и, возможно, уже и не имеет смысла.
В 12 часов дня 1 мая 1943 года уже после того, как блокада была прорвана, во дворе дома на Невском упал немецкий снаряд, взрыв повредил решетку балкона во дворе, осколками разбило зеркало двери.
Как уже выше говорилось, с 1930 года дом на Невском проспекте занимал научный институт Сельскохозяйственной академии. Вскоре по заданию Академии истории материальной культуры паспорт невского дома составил некто Яцевич. Включенный в монографию В.А. Панова «Архитектор А.Н. Воронихин» (М., 1937), он содержал следующие строки: «Ряд великолепных, чисто дворцовых помещений, говорящих о праздной и пышной жизни XVIII–XIX вв., свидетельствует о богатстве и меценатстве Строгоновых, крупнейших русских заводчиков, владельцев сотен тысяч крестьян. Низкие, небольшие дворовые помещения, вмещавшие до 600 человек прислуги, красноречиво говорят об эпохе крепостного права». Это станет одним из штампов советского времени. Спустя сорок лет статья «Блокнота агитатора» повторит эти слова о шести сотнях служащих.