Послам, ошеломленным известием о взятии Нарвы, Алексей Адашев объявил: верить «немцам» нельзя, раз они клятв своих не исполняют; царь теперь велел «промышлять над другими городами; если ливонцы желают мира, то магистр, архиепископ рижский и епископ дерптский должны сделать то же, что цари казанский, астраханский, — явиться пред государем с данью со всей земли, ударить ему челом и впредь во всем исполнять его волю. К такому повороту ливонцы были не готовы и убыли восвояси, не дав определенного ответа. А тем временем русские стали развивать нарвский успех. Русские овладели замками Этц, Нейшлосс, Нейгауз, затем князь Петр Шуйский после недолгой осады занял древний русский Юрьев — Дерпт (нынешний Тарту), передовые отряды доходили до Ревеля. «Немцев» хватило только на то, чтобы вернуть единственный замок Ринген. В декабре 1558 —феврале 1559 года состоялся поход на Ригу армии во главе с боярином князем Семеном Микулинским и царевичем Тохтамышем. Под Тирзеном они нанесли поражение войску рижского архиепископа и сожгли у Динамюнде рижские корабли. В результате Россия захватила восточную часть Эстонии и получила порт на Балтике — Нарву.
Ливония трещала по швам. Епископ эзельский уступил свои владения (современный эстонский остров Сааремаа) брату датского короля, принцу Магнусу. Ревель и окрестное рыцарство обратились за помощью к шведам, и те заняли город и северную Эстляндию. Новый магистр Готгард Кетлер считал, что спасти орден может лишь вхождение в состав Польши. В августе 1559 года Кетлер заключил соглашение с королем, который принял земли Ливонии в свою «клиентелу и протекцию» и обещал оказать военную помощь против России. А в январе 1560 года литовский посол Мартын Володкевич потребовал, чтобы царь прекратил войну, поскольку Ливония теперь принадлежит Короне Польской и Великому княжеству Литовскому. Разгневанный Иван Васильевич приказал отправить вестника обратно и «меда и обеда не давать». В этих условиях пограничная война с маленькой и слабой Ливонией грозила перерасти в большой европейский конфликт. Алексей Адашев и глава Посольского приказа Иван Висковатый, отдававшие себе отчет в том, что Москве следует пересмотреть свою внешнюю политику с учетом новой реальности , заключили с ливонцами перемирие.
Жалованная грамота Ивана IV городу Юрьеву Ливонскому от 6 сентября 1558 года
Пожаловали есмя людей своих лифлянских города Юрьева Ливонского <...> А нам никакими мерами их от веры своей против воли их не отвести и из Юрьева ливонского в ыные земли не ссылать. А в Юрьеве Ливонском бытии им по своим обычаем. А в торговых делах имети им свой суд и судитися им по старому, а в суде с ними быть нашему стряпчему для руских людей. А бурмистром, ратманом и жилцом во всяких судех судити их по правде и по своим правам, как у них издавна повелось и бывало…