Следуя примеру господ, католичество принимали подвластные им крестьяне. Вскоре на юго-западе Японии образовались целые районы, где большинство населения составляли новообращенные христиане Эти районы миссионеры использовали как базу для дальнейшего распространения своего влияния.
Руководствуясь чисто практическими соображениями, покровительствовал католическим миссионерам, равно как и обращенным в христианство японцам, и Ода Нобунага. Стремясь покончить с влиянием крупных буддийских монастырей, которые он считал не менее серьезным препятствием на пути объединения страны, нежели своевольных феодалов, Нобунага не прочь был в борьбе против них опереться на христиан. Доброжелательное отношение к миссионерам Нобунага опять-таки использовал для того, чтобы при их посредстве получить у португальских купцов огнестрельное оружие, наличие которого помогло ему в одной из битв одержать крупную победу над противниками объединения Японии.
На первых порах Хидэёси, будучи заинтересован в расширении торговых связей с Европой, также покровительствовал христианам. В его ближайшем окружении было несколько обращенных в христианство князей. Однако быстрое распространение христианства стало вызывать у Хидэёси растущую настороженность: в усиливающемся влиянии католической церкви он начал усматривать угрозу планам объединения страны под своей единоличной властью, тем более что обращение в христианство ряда князей способствовало усилению сепаратистских тенденций в их политике. В 1587 году Хидэёси издал указ об изгнании иезуитов из пределов Японии. Однако последние к тому времени обеспечили себе настолько прочные позиции среди местных феодалов, что избавиться от них оказалось не такого легко. Пользуясь тем, что указ 1587 года не распространялся на португальских купцов, миссионеры сами стали активно заниматься коммерческой деятельностью, чтобы отвести от себя обвинения в пропаганде христианства. Первая попытка покончить с распространением католицизма в Японии была, таким образом, сведена на нет.
Тем не менее подозрения Хидэёси относительно истинных намерений миссионеров продолжали расти. Они получили подтверждение в ходе взаимных разоблачений португальских иезуитов и испанских францисканцев и доминиканцев, которые выливали друг на друга ушаты грязи, пытаясь восстановить Хидэёси против своих соперников. Стало очевидно, что пропаганда католицизма чревата опасностью подчинения Японии иностранному влиянию и в конечном счете утратой ею своей национальной независимости. Это побудило Хидэёси издать в 1597 году указ, решительно запрещавший христианство. Феодальным князьям под страхом смертной казни было запрещено принимать новую веру. Всем иезуитам предписывалось немедленно покинуть страну. Десятки христианских проповедников — японцев и иностранцев — были казнены, многие церкви разрушены.