Небольшая высота катера наряду с положительным свойством — малой радиолокационной заметностью обуславливала и существенный недостаток. Радиолокационные средства катера на предельной дальности могли фиксировать излучение, отраженное только от мачт и надстроек крупного корабля противника. Даже этот слабый сигнал позволял опытному оператору обнаружить цель, но он был явно недостаточен для захвата полуактивной головкой самонаведения, выполненной на уровне техники середины 1950-х гг. Поэтому из радиолокационных средств для ракеты наиболее подходила активная головка самонаведения. Учитывая возможности элементной базы аппаратуры, по массогабаритным показателям приемлемой для применения на борту ракеты, захват на автосопровождение даже такой крупной цели, как крейсер, обеспечивался на удалении от него не более 10–15 км, т. е. на завершающем участке полета.
Таким образом, при выборе системы управления исходили из применения активной системы самонаведения только на конечном участке траектории. Но она не могла обеспечить управление на предшествующих фазах полета. Исходя из относительно малой дальности полета катерной ракеты, ограниченной возможностями радиолокационных поисковых средств катера, оказалось допустимым применить автономную систему с автопилотом, без радиокоррекции от корабельных средств. Даже скоростная цель за время автономного участка полета ракеты смогла бы пройти не более чем на 1 км.
Основой бортовой аппаратуры ракеты являлась головка самонаведения МС-2, созданная в КБ-1 коллективом конструкторов во главе с Яковом Ивановичем Павловым. По данным справочника «Джейн», она работала на одной из четырех фиксированных частот в диапазоне 8-10 ГГц.
Послестартовое управление ракетой осуществлялось автопилотом АП-15. Высота полета определялась поданным баровысотомера (статоскопа) и поддерживалась постоянной — 300 м. При достижении ракетой установленного значения пройденной дальности головка самонаведения включалась на излучение и, сканируя в горизонтальной плоскости, начинала поиск цели на заданном удалении с допуском ±1 км. После приема восьми ответных импульсов она переключала на себя управление ракетой. Протяженность последующего участка самонаведения составляла от 5 до 12 км.
Использование ракет обеспечивалось корабельной аппаратурой комплекса, прежде всего разработанной в НИИ-49 (в настоящее время ЦНИИ «Гранит») коллективом конструкторов во главе с Виктором Андреевичем Кучеровым РЛС «Рангоут», работавшей, согласно справочнику «Джейн», в диапазоне 8- 12 ГГц на четырех фиксированных частотах, разнесенных в диапазоне шириной ±10 МГц. Станция «Рангоут» имела два уровня мощности (20 и 100 Вт) и могла осуществлять круговой обзор с частотой 4 или 12 об/мин. Исходя из элементарных геометрических расчетов при размещении антенны РЛС на мачте катера примерно в 10 м от водной поверхности надстройки корабля противника высотой 20–30 м могли быть обнаружены на удалении 25–28 км. При обычных показателях рефракции дальность обнаружения должна была увеличиться до 30–35 км. Однако разработчиков РЛС ожидал приятный сюрприз: тот самый редчайший случай, когда показатели системы не только не ухудшаются, но и возрастают в процессе отработки. При проведении экспериментальных работ выяснилось, что при функционировании РЛС данного диапазона частот с расположенной на малой высоте антенной образуется своего рода канал распространения излучения вдоль водной поверхности на дальности, намного превышающей удаление геометрического горизонта. При благоприятных условиях крупная цель фиксировалась на дальности до 60 морских миль (112 км). Как правило, крейсер пр. 68бис катерная РЛС обнаруживала на расстоянии 60–80 км. В свою очередь, ракетный катер засекался РЛС крейсера на дальности 20–30 км. Тем не менее считалось удовлетворительным и гарантированное обнаружение эсминца катерной РЛС на удалении 24 км. В качестве резервного оптического средства прицеливания использовался визир ПМК-453.