С 2003 г. комплексом руководит Виктор Анатольевич Кобзев. В настоящее время особый приоритет получают работы по созданию модификаций самолета-амфибии Бе-200. Производство самолета перенесено из Иркутска в Таганрог, начато выполнение очередного долгосрочного контракта по строительству Бе- 200ЧС для МЧС России, завершена сертификация амфибии по европейским стандартам.
В Таганрог была перевезена часть имевшейся оснастки, изготовлены новые сборочные стапеля, закуплены за рубежом самые современные обрабатывающие центры и другое высокотехнологичное оборудование.
На первом этапе ТАНТК им. Г.М. Бериева доведет до полного соответствия требованиям технического задания и сдаст заказчику две заключительные машины по стартовому заказу МЧС на семь амфибий, строившихся в Иркутске, а затем приступит к поставкам новых Бе-200ЧС уже собственного изготовления.
Сейчас завершается сдача МЧС России самолета-амфибии Бе-200ЧС (бортовой номер RF-31121, серийный № 301), получившей имя «Петр Стрелецкий» 1*. На новой машине проведены доработки по результатам эксплуатации в МЧС России и учтен опыт, полученный в процессе европейской сертификации самолета. В начале октября новый Бе-200ЧС успешно прошел программу предъявительских и приемо-сдаточных испытаний, в том числе, выполнил взлеты, посадки и заборы воды на акваториях Азовского и Черного морей.
Помимо Бе-200 и Бе-103, на ТАНТК им. Г.М. Бериева ведется проектирование и строительство легкого самолета-амфибии Бе-101, отрабатывается облик перспективных самолетов-амфибий для региональных и местных авиалиний Бе-112 и Бе-1 14. Также разрабатываются проекты будущих гигантских самолетов-амфибий со взлетной массой, превышающей 1000 т. Такие летательные аппараты, реализованные в металле, смогут стать в будущем настоящими летающими кораблями, способными на равных конкурировать на трансокеанских трассах с обычными самолетами и морскими судами, используя при этом существующую инфраструктуру морских портов.
В 2011 г. выполнен международный контракт, заключенный ФГУП «Рособоронэкспорт» между Россией, Индией и Израилем по созданию трех самолетов дальнего радиолокационного обнаружения и управления для индийских ВВС. Данный авиационный комплекс создавался в результате сложной и многоуровневой международной кооперации между израильской фирмой ELTA/IAI и российскими предприятиями.
Всего же, начиная с 1916 г., в Таганроге были разработаны и серийно строились, более 50 типов летательных аппаратов самого различного назначения, в том числе сухопутные самолеты и самолеты-амфибии, специальные авиационные комплексы, крылатые ракеты и даже воздушные мишени.