Поскольку с уходом советских войск надежное прикрытие аэродрома не гарантировалось, безопасность полетов Ил-76 в Кандагар не обеспечивалась. Большая и тяжелая машина была слишком заметной мишенью и их полеты в Кандагар пришлось прекратить. На этом направлении продолжали работать только Ан-12 и Ан-26, у которых взлетные и посадочные маневры по «короткой схеме» были более компактными. Это существенно осложнило транспортные проблемы: как- никак, Ил-76 брал на борт втрое больше груза, чем Ан-12, не говоря уже об Ан-26 с их пятитонной грузоподъемностью. Снабжение Кандагара теперь приходилось осуществлять «двухступенчатым» образом: необходимые грузы из Союза доставлялись в Кабул на Ил-76, где их забирали Ан-12 и Ан-26, выполнявшие рейсы в Кандагар.
Показательным выглядело то, что планами вывода войск не предусматривалось сокращение авиатранспортных сил. Если в ходе первого этапа вывода армии численность ВВС 40-й армии сократилась на 45 %, то транспортники «полтинника» и 200-й эскадрильи оставались на месте, сохраняя всю свою группировку и продолжая работать «на всю катушку». Более того, летом 1988 г. авиационные силы пополнила еще одна часть, 339-я отдельная смешанная эскадрилья центрального подчинения. Эскадрилья была в спешном порядке сформирована на базе ВВС Закавказского округа к 11 июля 1988 г. и переброшена в Кабул, имея целью работу в интересах советнического аппарата и, при необходимости, — вывоз личного состава и эвакуацию посольского персонала и правительства Афганистана. В экстренном случае, помимо столичного аэропорта, забирать людей предусматривалось также со стадиона Кабула, находившегося поближе к административным кварталам. С этой целью эскадрилью укомплектовали пятью Ми-8МТ, двумя Ан-26 и одним Ан-12, базировавшимися на отдельной стоянке кабульского аэродрома. Без дела ей сидеть не пришлось — хотя противник и не шел на приступ Кабула, летчики эскадрильи активно занимались выполнением разнообразных транспортных задач, а вертолетные экипажи вели патрулирование окрестностей столицы и, после выхода из строя целой эскадрильи 50-го осап, привлекались к работе со спецназом, высадке досмотровых групп и борьбе с караванами.
Увеличению нагрузки на транспортную авиацию были очевидные обоснования: помимо обычных задач по снабжению частей 40-й армии, транспортники получили дополнительный объем работ по обеспечению вывода войск, их личного состава и средств. Только с кандагарской авиабазы требовалось вывести 280-й отдельный вертолетный полк, 205-ю отдельную вертолетную эскадрилью, штурмовую эскадрилью 378- го отдельного штурмового авиаполка и эскадрилью 979-го истребительного авиаполка со всеми причитающимися средствами, имуществом и многочисленным хозяйством. Помимо этого, существенно возросли потребности афганских войск. Мотивируя постоянно растущие потребности в поставках, Кабул в качестве довода приводил повышение значимости своей армии в противостоянии оппозиции. «Защита дела революции» нуждалась во все более значительной помощи: достаточно сказать, что в 1987 г. объемы советской военной поддержки возросли вдвое по сравнению с предыдущим годом, перевалив за миллиард рублей, а в 1988 г. увеличились еще на две трети, достигнув 1629 млн. рублей.