Здесь же, в целях создания опытной базы морского самолетостроения, Постановлением СМ СССР от 21 июня 1946 г. конструкторское бюро было преобразовано в Государственный союзный опытный завод № 49.
Осенью 1946 г. на заводе № 86 было образовано ОКБ-86 НКВД СССР во главе с Р.Л. Бартини. Почти все ведущие конструкторы, начальники бригад, как и Главный Конструктор и его заместители были на положении заключенных.
СУ-2
Бе-6
Именно этими людьми был спроектирован, и практически построен к началу 1948 г. уникальный самолет Т-117. Это был первый в нашей истории широкофюзеляжный сухопутный самолет. В нем нашли воплощение многие идеи, значительно опередившие тогдашний уровень самолетостроения. Но самолет так и не был поднят в небо. Причиной этого стало с одной стороны сокращение бюджетного финансирования по министерству авиационной промышленности, с другой, тот факт, что двигатели ALU-73 были необходимы для тяжелых бомбардировщиков Ту-4 — единственных на тот момент носителей ядерного оружия.
Правда, потом идеи, заложенные в этой машине, нашли свое воплощение во многих самолетах ОКБ O.K. Антонова, т. к. еще в 1948 г. все чертежи, шаблоны, техдокументация были переданы в Киев.
10 июня 1950 г. завод № 86 был, наконец, переведен в первую категорию серийных заводов. В серийное производство был запущен гидросамолет Бе-6. Он строился серийно с 1952 по 1957 гг. Всего было выпущено 123 экземпляра Бе-6.
Параллельно с Бе-6 в конструкторском бюро был разработан легкий связной самолет-амфибия Бе-8 с одним мотором АШ-21. Шестиместный самолет-амфибия совершил свой первый полет с воды 3 декабря 1947 г. Хотя амфибия в 1948 г. выдержала государственные испытания, но в серийное производство так и не пошла. Основное внимание в этот период уделялось созданию боевых машин.
С началом эры реактивной авиации на повестку дня встал вопрос о создании боевой реактивной летающей лодки. Уже в мае 1947 г. ОКБ Г.М. Бериева начало в инициативном порядке разработку реактивной лодки — морского разведчика Р-1 с двумя реактивными двигателями ВК-1.
Полученный при доводке Р-1 опыт позволил в кратчайший срок создать разведчик-торпедоносец Бе-10 с двумя реактивными двигателями АЛ-7ПБ.
В 1959 г. директором завода становится Сергей Моисеевич Головин, несший этот пост 20 лет. За время директорства С.М. Головина завод освоил производство таких самолетов, как Бе-10, Бе-12, Бе-30 и Ту-142.
Первый полет Бе-10 состоялся 20 июня 1956 г. в г. Геленджике. Поскольку при проектировании Бе-10 были учтены все уроки Р-1, машина успешно прошла заводские и государственные испытания. Гидросамолет пошел в серию на таганрогском заводе № 86, где с 1958 по 1961 гг. выпустили 27 серийных машин. На Бе-10 (заявленном FAI как М-10) было установлено 12 мировых рекордов.