Андрей Тимофеевич установил, что укоренением надземных стеблей размножаются главным образом растения со стелющимися стеблями.
У сорняков, размножающихся семенами, Болотов описал наиболее часто встречающиеся способы распространения семян: самораспространение путем осыпания; разбрасывание при растрескивании околоплодника; разнос животными, к которым семена прикрепляются с помощь крючков и зацепок; собственное движение благодаря наличию у семян особых форм и специальных приспособлений (крылышек, пушинок), позволяющих им катиться по земле или лететь по воздуху.
Андрей Тимофеевич отмечал также, что часть сорняков распространяется при посеве культурных растений. Он писал, что семена таких сорняков «сидят так твердо, что не прежде как при молотьбе из стручков и сосудцов своих выбиваются; а в землю порядочным образом, и человеческими руками уже сеются».
Кроме того, Болотов подметил такие тонкие особенности биологии сорняков, которые могли быть объяснены только после появления теории Дарвина. Андрей Тимофеевич установил, что семена некоторых из них не всходят все сразу, а лежат в земле год или несколько лет, не прорастая. Это обстоятельство, считал Болотов, может быть обусловлено или наследственными особенностями растения, или погодными условиями.
Ученый отмечал также, что семена некоторых сорняков прорастают только при наличии в поле определенной культуры. В качестве примера он приводил зерна дикого овса, которые могут лежать в почве несколько лет, до тех пор, пока на данном поле не будет посеяна яровая зерновая культура.
Описывая вред, причиняемый сорняками, Болотов подчеркивал, что они не только засоряют поля, но и заглушают, а порой полностью вытесняют культурные растения, лишая их солнечного света, воды и питательных веществ. Ученый также писал, что сорные травы попадают во время жатвы в снопы и затрудняют их сушку. Скирды, сложенные из таких сырых снопов, часто загнивают, колосья плесневеют, делаются затхлыми, а семена теряют всхожесть. Кроме того, Болотов отмечал, что при обмолоте семена сорняков смешиваются с зерном, значительно снижая его товарность. Андрей Тимофеевич предупреждал также, что мука, приготовленная из такого зерна, может оказаться вредной для здоровья человека и животных, а хлеб, выпеченный из нее, будет темного цвета, безвкусный или совершенно горький. Такой хлеб быстро черствеет и покрывается плесенью.
На основании своих исследований биологии сорных растений Болотов разработал довольно стройную для того времени систему борьбы с ними. Он предлагал тщательно очищать семена культурных растений, создавать неблагоприятные условия для роста и развития сорняков (подбор почвы для посева культурного растения, препятствующий росту его основного сорняка; применение приемов обработки почвы, мешающих развитию сорняков или уничтожающих их; выбор сроков посева для культурных растений которые будут неблагоприятны для сорняков), а также уничтожать их, когда предупредительные меры не помогают.