Ученый писал, что выбор подвоя определяется семенами, которые посеяны в первом отделении. Поскольку сеянцы в дальнейшем используются по-разному: одни для выращивания без прививки, другие - в качестве подвоя, то и семена для их получения не должны быть одинаковы.
Андрей Тимофеевич не только хорошо знал все способы прививок, применявшиеся в то время, но и внес в их технику весьма важные усовершенствования.
При заготовке черенков и прививке с их помощью Болотов рекомендовал брать черенки с южной стороны дерева, поскольку они лучше освещаются солнцем и имеют лучше сформировавшиеся почки; резать черенки преимущественно с верхних ветвей яблони; выбирать для срезки черенков уже плодоносившие ветки; хранить черенки до прививки в погребе на льду; весной прививку производить, когда зацветут деревья вербы; в ненастные, холодные и слишком ветреные дни прививку не делать, так как черенки при таких условиях плохо приживаются; брать тонкие черенки и прививать их врасщеп; о всех прививках производить тщательные записи в журнале (когда сделана прививка, с какой яблони взят черенок). Ученый советовал также нумеровать привитые деревья,
Болотов предпочитал прививке черенком прививку глазком - окулировку, хотя в его время многие садовники поступали наоборот.
Преимущество окулировки перед другими способами прививки Болотов видел в следующем: прививочный материал - глазки, можно легко достать, с меньшим вредом для растения и в большем количестве; подвой меньше страдает от такой операции, чем от прививки черенком, поэтому прививки лучше приживаются; в случае неудачи окулировку можно повторить на том же подвое; к одной яблоне можно прививать несколько глазков, что значительно повышает шансы на успех прививки; окулировку можно производить на очень молодом подвое. Ученый считал, что сроки окулировки (вторая половина лета) позволяют производить прививки не так спешно, как весной, и, стало быть, более тщательно, а техника ее более проста по сравнению с прививкой черенком. Он подчеркивал, что окулированные глазки приживаются лучше, чем черенки, а побеги из привитых почек развиваются быстрее. Кроме того, яблони, выросшие из привитого глазка, быстрее вступают в период плодоношения.
Болотов подчеркивал, что все эти преимущества имеют место лишь в том случае, если окулировка произведена правильно.
Болотов довольно резко критиковал тех садоводов, которые приурочивали прививку к религиозному празднику - Ильину дню. Ученый считал, что главные неудачи с прививкой глазком происходят чаще всего именно из-за неправильных сроков работы. Он писал: «...когда вы так свято держитесь Ильина дня, и всякий год окулационные ваши прививки либо накануне сего дня, либо на другой или на третий день после оного неотменно уже прививаете, то и неудивительно, что в иной год вы удачи не имеете, и труды ваши пропадают тщетно. Ведайте, государь мой, что от вашего Ильина дня всего меньше зависит успех в оных (прививках) и что он ни мало не просвещает; а для избирания способного к тому времени надобны другие приметы, а паче всего примечание действия сока в ваших яблонях. А сей сок всего меньше имеет понятия о Ильине дне, и с ним не всегда согласуется».