При соблюдении этих условий Болотову удавалось сохранять зимние сорта до нового урожая.
Много занимаясь прививками, Андрей Тимофеевич подметил, что если в качестве подвоя берется дикая яблоня, то на ней яблоневые почки приживаются легко.
Если же глазки яблони прививаются на сеянцы из семян культурных сортов, то опыт не всегда удается. Проведя специальные опыты, Болотов убедился, что из сеянцев, на которых не приживаются прививки, чаще всего вырастают яблони со сладкими плодами. Это позволило ему наряду с использованием некоторых других признаков производить отбор сеянцев для выращивания без прививки.
Андрей Тимофеевич первый обратил внимание на то, что яблони, вырастающие из семян, полученных с одного дерева, никогда не бывают похожи одна на другую.
Он обнаружил, что различия между сеянцами по морфологии и анатомии побегов, листьев, цветков с возрастом увеличиваются. Когда деревья достигают поры плодоношения, уклонения непременно обнаруживаются как в сроках его наступления, так и в величине, форме и вкусе плодов.
Болотов впервые в истории биологии установил, что разнообразие семенного потомства яблони происходит из-зa перекрестного опыления ее цветков насекомыми. Практическим результатом этого величайшего открытия шло выведение Андреем Тимофеевичем трех новых оригинальных сортов яблони (Болотовка или Дворяниновка, Андреева, Ромодановка).
Болотов также создал первую в мире научную классификацию плодов яблонь и груш. Он написал замечательную работу. «Изображения и описание разных юрод яблок и груш, родящихся в дворяниновских, а отчасти и а других садах».
А.К. Грелль, впервые опубликовавший этот труд в [861 г. (в сокращенном и переработанном виде), так охарактеризовал его: «Мы не можем брать на себя подробной оценки помологического труда А. Т. Болотова; скажем только, что мы находим общую часть, его, то есть, что незабвенный автор называет краткими предварительными Замечаниями, чуть ли не дельнее всего, что написано в этом роде по настоящее время учеными иностранными помологами. Не забудем, что Андрей Тимофеевич начал свой труд тогда, когда заграничная литература не представляла почти ничего письменного по этой части, ибо Общепринятая система известного помолога Диля появилась в Германии только в 1799 г. Итак, в глухом уголке России, в деревне одного из малоизвестных уездов Тульской губернии, жил в конце прошедшего (XVIII) столетия человек, который мог бы назваться отцом научной помологии, и начертал свою собственную систему сортов яблок и груш в то время, когда систем еще не существовало в остальной Европе».