В качестве главного городского врача он обратился в городской совет Базеля с предложением передать все аптеки города под его надзор и разрешить ему проверять, как работают провизоры, хорошо ли они знают свое дело и достаточно ли у них настоящих лекарств — так он мог бы контролировать неоправданное завышение цен. Естественно, все аптекари и провизоры обрушились с хулой на городского врача. К ним присоединились врачи и профессора, не разделявшие взглядов этого выскочки, к тому те возомнившего себя последователем Лютера. Как великий реформатор отказался от Библии на латыни, переведя ее на немецкий, так и этот зазнайка читает лекции не на латыни, как все, а по-немецки. Это было неслыханной дерзостью.
И вообще, резкие его высказывания и суждения возмущали спесивых профессоров. В отместку они выставляли его хвастуном и пьяницей. Отвечая им, он говорил, что знает, что он не тот человек, который сообщает людям только то, что им по вкусу, и не привык давать смиренные ответы на высокомерные вопросы. «Я знаю свои привычки и не желаю менять их; не могу я изменить свою натуру. Я грубый человек, рожденный в грубой стране, я вырос в сосновых лесах и, возможно, получил в наследство их иголки». Действительно, в его характере сочетались благородство и наглость, светлый ум и грубейшие суеверия, он мог быть вежливым и дружески настроенным, а мог быть грубым и наглым.
Дошло до того, что профессора заявили, будто Парацельс занимает кафедру в университете незаконно, поскольку его Назначение состоялось без их согласия. И вообще, кто такой этот Парацельс? — чужестранец, неизвестно откуда взявшийся. Более того, сомнительно, что он является настоящим врачом.
Короче говоря, конфликт разрастался и кончился тем, что Парацельс восстановил против себя и членов городского совета. Тогда, чтобы не доводить ситуацию до крайности и не подвергать себя риску быть изгнанным или, того хуже, оказаться в тюрьме, Парацельс предпочел тайно покинуть Базель. Снова начались скитания.
В Нюрнберге коллеги-врачи встретили его в штыки и поспешили ославить как мошенника, шарлатана и самозванца. Чтобы опровергнуть навет, Парацельс обратился к городскому совету доверить ему лечение нескольких пациентов, считавшихся неизлечимо больными. К нему направили нескольких больных слоновой болезнью. Он излечил их в короткий срок, причем не потребовав никакого вознаграждения, о чем свидетельствуют бумаги в архиве Нюрнберга. Но этот успех не повлиял в лучшую сторону на жизнь Парацельса, Провидение и дальше предначертало ему судьбу скитальца.