Он вновь исколесил всю Европу, пока не обосновался в Зальцбурге. Его пригласил сюда герцог Эрнст, пфальц-граф Баварский, большой поклонник тайных наук. Здесь наконец Парацельс получил признание и обрел даже славу. Увы, длилось это недолго.
В сентябре 1541 года после непродолжительной болезни он скончался в гостинице «Белая лошадь», что на набережной тихоструйного Зальцаха. Похоронили Парацельса на кладбище св. Себастьяна. Причина его смерти так и осталась неясной. Некоторые из современников полагали, что она была преднамеренной. Будто во время званого обеда на Парацельса было совершено нападение бандитов, нанятых кем-то из его врагов — врачей. В результате он погиб, ударившись о камень и проломив себе череп.
Позже останки Парацельса были перезахоронены, и на памятнике сделали надпись: «Здесь лежит Филипп Теофраст звания доктора медицины, что те многие язву, проказу, подагру, водянку и некоторые неизлечимые заразные болезни тела чудесным искусством излечил и распределением и отдачей своего имущества бедных почил. В год 1541, в 24-й день сентября, сменил жизнь на смерть».
Под этими словами изображен герб Парацельса — серебристый луч, на котором расположены один над другим три черных шара, а внизу надпись: «Мир живым, вечный покой умершим».
Парацельс был хорошо знаком с терапевтическим воздействием магнита и применял его при различных заболеваниях. Он знал силы минерального, человеческого и звездного магнетизма, что получило подтверждение после его смерти. О силе магнетизма Парацельс говорил, что то, что составляет магнит, есть притягивающая сила, которая находится вне нашего понимания, но тем не менее вызывает притяжение железа и других вещей.
«Наши лекари всегда имели в своем распоряжении магниты, но они не уделяли им большого внимания, не ведая, что магниты можно использовать для чего-то еще помимо собирания гвоздей. Доктора наши, — продолжает он, — перестали учиться на опыте, но занимаются лишь пустой болтовней; стыдно и досадно, что представители нашей науки знают столь мало. Каждый день они имеют возможность видеть магниты и все же продолжают действовать так, словно магнитов не существует».
На вопрос о том, почему он не следует методам, завещанным древними, в свойственной ему манере с возмущением заявлял: «Почему я должен следовать тому, в чем, как я знаю, они не правы? Они не могли знать вещей, опыта которых у них не было, и было бы глупо следовать им в том, в чем они ошибались. Все, что я знаю, я постиг путем опыта, и я полагаюсь на собственное знание, а не на невежество других».