Договорные принципы, благодаря которым прежнему правителю Бёгю-кагану удалось утвердиться в таримских оазисах, были нарушены — узурпатор выгодам торговли предпочел ограбление согдийских и тюркских общин. Последствия не заставили себя ждать — города Притяньшанья восстали, а соседи — карлуки и тибетцы, заключив между собой союз, поддержали восставших. Как пишет китайский историограф, «тюрки в белых одеждах», т. е. манихеи, вместе с карлуками нанесли несколько серьезных поражений командующему уйгурской армией Иль Огеси; в 790 г. тибетцы и тюрки взяли Бешбалык, последний оплот уйгуров. Новая уйгурская армия в 50–60 тысяч воинов попыталась было изменить положение, но потерпела неудачу.
Поражение в Джунгарии и на Тариме не прошло бесследно для каганской ставки — начались распри, наследник Алп Кутлуга был свергнут и убит своим младшим братом, который не сумел удержаться у власти и сам погиб в ходе мятежа. Тяжелая война с карлуками и тибетцами продолжалась; ход ее почти не освещается источниками.
В смутное время к власти в Ордубалыке пришла новая династия из племени эдиз, «принявшая прозвание Яглакар» и тем самым отождествившая себя с легитимным каганским родом (795 г.). В столице была восстановлена «религия света», и туда прибыл манихейский пресвитер. После пятнадцатилетнего перерыва были возобновлены союзные и договорные отношения с манихейскими общинами Притяньшанья, а Шелковый путь по «уйгурской дороге», через Ордубалык, вновь открыт для караванов.
Карлуки лишились мощной опоры в Северном Притяньшанье, где города и кочевые племена (вероятно, ягма) признали протекторат кагана Отюкенской черни. В 803 г. уйгурское войско заняло Кочо (Турфан) и, нанеся поражение карлукам, через Фергану вышло на Сыр-Дарью. Это был последний успех уйгуров на западной границе.
В первом десятилетии IX в. главным врагом уйгурского каганата стали енисейские кыргызы. Войны между ними, с переменным успехом, шли более двадцати лет. В 840 г. кыргызы, объединив усилия с мятежным уйгурским полководцем, взяли Ордубалык. Уйгурский каган пал в сражении.
Теряя по пути отставших и отчаявшихся, остатки токуз-огузов во главе с одним из яглакарских принцев, оставив родину кыргызам, пришли на свои прежние пограничные земли. Единство племен вскоре было утрачено. Беглецы укрепились в Куче и Бешбалыке. Вождь бешбалыкских уйгуров Буку Чин, разгромив тибетцев, стал господином положения во всем Таримском бассейне. Так было положено начало уйгурскому государству Кочо с центрами в Турфане и Бешбалыке.
Несмотря на неудачи в войнах начала IX в., положение Карлукского государства, опиравшегося на богатые семиреченские города, оставалось прочным. Обогащению ябгу способствовали выгодная торговля тюркскими рабами для гвардии аббасидских халифов на сыр-дарьинских невольничьих рынках и контроль за транзитом в Китай на участке от Тараза до Иссык-Куля. Укрепились позиции карлуков и в Фергане, несмотря на несколько попыток арабов вытеснить их оттуда. Самым опасным для ябгу оказался поход знаменитого сподвижника халифа ал-Мамуна (правил в 813–833 гг.), Фадла ибн Сахла, известного под титулом Зу-р-рийасатайн («Обладатель двух знамен»). Арабы предприняли поход между 812–817 гг. в район Отрара. Там был убит начальник карлукской пограничной охраны, а затем будто бы была захвачена в плен семья ябгу, а сам ябгу бежал к кимакам. Успех нападавших явно преувеличен в донесении Фадла, однако положение пограничного отряда карлуков действительно могло создать для ябгу напряженную ситуацию на западной границе.