В процессе этой борьбы, длившейся много лет, молодой царевич, то вступал в союз с мангытскими мурзами, то обращался за помощью к правителям моголов. Однако ему так и не удалось одолеть владетелей Казахского ханства и восстановить в Восточном Дешт-и Кипчаке власть дома Абу-л-Хайра: слишком сильны были казахские владетели (они водили 30–70-ти тысячное войско), а около Мухаммада Шейбани была лишь небольшая кучка людей (от нескольких десятков до 300–400 человек). Тогда Шейбани и его ближайшее окружение, получив поддержку у могольского хана Махмуда, направили свои усилия на овладение территорией, принадлежащей Тимуридам. Предприятие это в силу ряда объективных причин — раздробленность страны Тимуридов, ослабление ее политической и военной мощи и т. д. — оказалось удачным, и Шейбани с поддерживавшей его частью кочевых узбеков Восточного Дешт-и Кипчака завоевал сначала центральный Мавераннахр, а несколько позже и другие части государства Тимуридов (до сих пор лучшей работой, посвященной истории завоевания государства Тимуридов кочевыми узбеками Дешт-и Кипчака остается публикация проф. А. А. Семенова 1954 года).
Вот краткая хронология военно-политических событий тех лет.
1500 год — Шейбани при поддержке могольского хана Махмуда во главе небольшого отряда захватил Бухару и передал ее в удел своему младшему брату Махмуд-султану, а знать Самарканда без боя сдала ему город, но вскоре Шейбани был вынужден покинуть город.
1501 год — Шейбани отвоевал у Тимурида Бабура Самарканд и сделал его столицей государства Шибанидов в Мавераннахре, а заодно захватил еще ряд городов и крепостей междуречья Аму-Дарьи и Сыр-Дарьи.
1503 год, конец весны — Шейбани нанес поражение объединенным силам моголов и их союзников во главе с Махмуд-ханом, его братом Ахмад-султаном и Бабуром, разбив их на голову в бою под Ахси, у г. Архиан, захватил Ташкент, Сайрам, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак и другие города и крепости Туркестана.
1504 год, весна — кочевые узбеки Восточного Дешт-и Кипчака во главе с Шибанидами завоевали Фергану, совершили поход на Хорезм.
1505 год, август — после десятимесячной осады был взят Ургенч, который защищал Чин Суфи, в качестве наместника Тимурида Султана Хусайна; особенно выдающееся участие в десятимесячной обороне города принимало туркменское племя адак. Самое подробное описание завоевания Шейбани-ханом Хорезма принадлежит перу Мухаммада Салиха, участника похода, хорезмийца по происхождению [Шейбани-наме, изд. Мелиоранского].
1506 год, 4 мая — скончался Султан Хусайн, номинальный глава Тимуридов, его сын и преемник Бади аз-Заман не сумел организовать отпор Шибанидам и осенью того же года Балх сдался Шейбани-хану.