В мае 1507 года гератское войско было разбито и, согласно современнику тех событий Хондамиру, утром в пятницу 23 мая Шейбани вошел в Герат — другую столицу Тимуридов и потребовал от простых жителей города уплаты контрибуции в 100 тыс. и отдельно от знати — 35 тысяч тенгече (сумма огромная по тем временам). Город подвергся двухдневному грабежу. Кочевые узбеки во главе с Шибанидами захватили еще несколько городов Хорасана. Шейбани-хан все лето провел в Герате и лишь осенью 1507 г. направился оттуда на зимовку в Мавераннахр.
1508 год, весна — новый поход Шибанидов на Хорасан. Последний тимуридский правитель Средней Азии Бади аз-Заман бежал на запад, в Азербайджан, и после долгих лет скитаний на чужбине, наконец, скончался в Стамбуле в 1517 году.
Так Шейбани-хан стал владетелем обширного государства, простиравшегося от Сыр-Дарьи и низовьев Аму-Дарьи до Центрального Афганистана.
Завоевание государства Тимуридов Шейбани-ханом привело к окончательному уходу потомков Абу-л-Хайр-хана с частью племен и родов Узбекского улуса с территории Восточного Дешт-и Кипчака и к перенесению термина узбек в покоренные ими области Мавераннахра. С этого времени оба термина — казак и узбек — приобрели такое значение, что служили не только для обозначения приверженцев старой знати Шибанидов или Гирея, Джанибека и их потомков, но и для разделения сородичей по месту их обитания, ограниченного теперь рамками определенных политических и государственных границ.
Известно, что при распределении Чингиз-ханом уделов своим сыновьям Семиречье, Кашгар и Мавераннахр вошли в состав владений его второго сына Чагатая (ум. в 1242 г.), а в последние годы жизни Бату (ум. в 1255 г.), главы Джучиева Улуса, Мавераннахр входил в сферу влияния Джучидов. В этой связи небезынтересно отметить, что Тимур (правил в 1370–1405 гг.), происходивший из отюреченного монгольского племени барлас и создавший свое государство на территории Мавераннахра, представлен в официальной истории Шейбани-хана как безродный узурпатор, даже имена предков которого толком неизвестны. В источнике обыгрывается имя отца Тимура — Тарагай и созвучное этому имени тюркское слово тариг (просо). Некто, сообщает придворный историограф Шейбани-хана, состоял на службе у Чагатай-хана, второго сына Чингиз-хана. «Он сеял просо (тариг) для дома Чагатая и был хранителем его амбаров в городе Алмалыке (тогдашняя столица Чагатайского улуса в долине р. Или. — Т. С.). Отец Тимура, Тарагай, — потомок того самого таригбагчи» («работника по уходу за просом») [Нусрат-наме, л. 116а].