Эти раздоры между Шибанидами облегчили Бабуру в союзе с шахом Ирана на короткое время установить власть Тимуридов в Мавераннахре: осенью 1511 г. он захватил Фергану, Самарканд, Бухару и ряд других городов и крепостей Мавераннахра; и, по словам младшего современника Бабура и участника некоторых событий тех лет, Бабур «правил Самаркандом месяцев восемь».
Потомки Абу-л-Хайр-хана удалились в г. Ясы (Туркестан). Однако в апреле 1512 г. племянник Шейбани-хана Убайдулла-султан вторгся в Мавераннахр и нанес поражение Бабуру при Кули Мелике, между Хайрабадом и Кара-Кулем. Бухара, Самарканд и ряд других городов Мавераннахра вновь перешли в руки Шибанидов. Новой главой династии Шибанидов был утвержден султанами и биями старший брат Суйундж-Ходжа-хана Кучкунджи (Кучум) — султан (правил в 1512–1529/30 гг.), но он, по словам источника, по-прежнему — «султан и хан только по имени». Фактически вся власть находилась в руках племянника Шейбани-хана и победителя Бабура Убайдуллы, который весной 1512 г. «с согласия знатных лиц» Самарканда также принял ханский титул, но по-прежнему оставался правителем Бухары, своего удела. Таким образом, в рассматриваемый период в государстве Шибанидов Мавераннахра ханский титул носили одновременно четыре султана: Суйундж-Ходжа, Кучкунджи (Кучум), Мухаммад-Тимур и Убайдулла. Но старшим ханом являлся Кучкунджи-хан.
Осенью того же 1512 г. объединенное войско чагатаев, моголов и кызылбашей (сефевидов) во главе с Бабуром и Наджм-и Сани, военачальником иранского шаха Исмаила, вновь вторглось в Мавераннахр. В середине ноября 1512 г. под стенами крепости Гидждуван (около Бухары) разыгралось кровопролитное сражение за обладание Мавераннахром. Войско чагатаев, моголов и кызылбашей (сефевидов) было разгромлено; сам Наджм-и Сани убит, голова его отделена от тела и доставлена в Самарканд, а Бабур отступил в Хисар, затем в Кундзу. Результатом гидждуванской победы Шибанидов явилась полная ликвидация угрозы распространения сефевидский (кызылбашской) экспансии на Мавераннахр.
Бабур после поражения при Гидждуване навсегда покинул пределы родной страны и вернулся в Кабул. Отделившиеся от него по пути моголы разграбили Хисар, но были вытеснены оттуда узбеками во главе с Убайдуллой.
Во время одного из таких походов заболел и умер сын Шейбани-хана Мухаммад-Тимур; согласно данным шибанидской эпиграфики, он умер 17 марта 1514 г. в области Хутталан. Тело его отвезли в Самарканд и похоронили в медресе Шейбани-хана.
У Мухаммад-Тимур-султана было два сына: одного звали Абдул-шах, матерью его была Михр-Султан-ханым, дочь казахского хана Бурундук-султана, у него был сын по имени Мухаммад-Амин; второго сына Тимура звали Пулад-султан, которого Шейбани-хан назначил правителем Хорезма; осенью 1512 г. он принимал участие в гидждуванском сражении; согласно «Мусаххир ал-билад», он умер в 935/1528–1529 г. У этого Пулад-султана был сын, прозванный Кӧк-Бури-султан; от него не осталось потомства.