Ни один из последующих ханов Бухары не объединял под своей властью такого числа областей, как Абдулла И. Но сильная ханская власть и эти победы были достигнуты «морем» крови: физически истреблялись не только враждебные члены ханского рода, члены враждебных кочевых родов, до грудных младенцев включительно, но и народные массы.
Абдулла II одновременно вел активную внешнюю политику: он поддерживал, например, сибирского хана Кучума и старался наладить дружеские отношения с правителями Османской империи. В османских источниках, в частности, в «Тарих-и Саланики» Мустафы Саланики (ум. в 1599–1600 г.), рассказывается о несколькихчюсольствах Абдулла-хана II к турецкому султану, подробно перечисляются подарки хана султану, описывается церемония приема послов, а также передается краткое содержание послании хана к султану [Тарих-и Саланики, л. 163а–164а, 329а]. В частности, посольство, прибывшее из Бухары в январе 1594 года в Стамбул, ко двору Мурада III (правил в 1574–1595 гг.), известило султана и его окружение, что Абдулла-хан захватил Хорезм, а хивинский хан Хаджжим-султан, спасая свою душу, с несколькими приближенными подался к шаху кызылбашей Аббасу (правил в Иране в 1587–1629 гг.) и нашел убежище в, Казвине (л. 1636).
Последним шибанидским правителем Мавераннахра среднеазиатские источники обычно называют сына и преемника Абдуллы II, Абд ал-Мумина, который погиб в результате заговора эмиров в конце лета 1598 года после шести месяцев правления. Этим именем заканчивают правление Шибанидов в Мавераннахре и многие современные ученые. Между тем в «Тарих-и аламара-йи Аббаси» Искандара Мунши в качестве преемника Абд ал-Мумина назван еще Пир-Мухаммад-султан, «родственник Абдуллы и царевич из рода Джаиибека». Однако и его правление было недолгим; Пир-Мухаммад был побежден Баки-Мухаммадом, потомком Тукай-Тимура, сына Джучи, захвачен в плен и убит в конце 1007/июнь — июль 1599 года. Вследствие этого в известных справочниках Стэнли Лэн-Пуля (СПб., 1899) и К. Э. Босворта (М., 1971) история Шибанидов в Мавераннахре закапчивается не Абд ал-Мумином (1598 г.), а Пир-Мухаммадом, т. е. 1599 годом.
Вопросу о смене династии в Мавераннахре в конце XVI в. посвящена значительная литература на разных языках (В. В. Вельяминов-Зернов, Б. А. Ахмедов, A. Burton и др.).
Во владениях Шибанидов Мавераннахра в основу государственной жизни были положены степные традиции, согласно которым государство считалось собственностью всей царствующей фамилии, члены которой назывались султанами и одного из своей среды как главу рода провозглашали ханом. Государство было разделено на уделы, которые находились в управлении и владении султанов и отдельных знатных беков. Самарканд считался столичным городом. Но провозглашенный государем всех узбеков Мавераннахра султан не всегда переезжал в Самарканд, а продолжал жить в своем уделе, например, в Ташкенте (Барак-хан, правил в 1551–1556 гг.) и в особенности в Бухаре (Убайдулла-хан, Абдулла-хан II).