Государство Шибанидов, основанное Мухаммадом Шейбани-ханом в Мавераннахре, в мемуарах придворного литератора первых Шибанидов Зайн ад-Дина Васифи «Удивительные события» называется «узбекским государством» [Болдырев, 1989, с. 225]. Замечательно, что и Сефевид шах Тахмасп I (правил в Иране в 1524–1576 гг.) в беседе с турецким сановником Сейди Али Рейсом, в 1553–1557 гг. путешествовавшим по странам Азии и в 1556 г. побывавшем в Иране, называл государство Шибанидов в Мавераннахре «Узбекистаном» [The Travels; Кушева, 1963, с. 184–185]. Кочевые узбекские племена и роды Восточного Дешт-и Кипчака, переселившиеся вместе с Шибанидами, занимали господствующее положение в Мавераннахре как при Шибанидах, так и их политических преемниках — Аштарханидах (Джанидах). Очевидно поэтому потомок Бабура Великий Могол Аурангзеб (правил в Индии в 1658–1707 гг.) называл Мавераннахр, по свидетельству Ф. Бернье, «Узбекистаном», «Узбекией».
Однако в научной литературе за государством Шибанидов в Мавераннахре и их политических преемников — Аштарханидов — утвердилось название «Бухарское ханство». Оно, конечно, вполне понятно. Хотя столицей Шибанидов считался Самарканд, но деятельность самых могущественных и авторитетных ханов из этой династии (Убайдулла-хана, который с 1504 г. до своей смерти в 1539 г. пребывал в Бухаре и Абдулла-хана II, в мае 1557 г. захватившего Бухару, которая с тех пор и стала его столицей) были связаны с Бухарой, и постепенно уже во второй половине XVI в. значение столицы в Мавераннахре перешло к Бухаре. Деятельность ханов XVII в., происходивших из династии Аштарханидов, также была тесно связана с Бухарой.
Здесь кстати заметить, что с именем новой столицы узбекского ханства в Мавераннахре — Бухарой связаны также происхождение терминов «Великая» и «Малая Бухарин». Бухара стала хорошо известна России и Западной Европе именно с XVI в. — со времени Шибанидов. В XVII и XVIII вв. русские и по их примеру западные европейцы называли «бухарцами» всех купцов и выходцев из Мавераннахра, а их страну «Бухарией». Тот же термин был произвольно распространен и на Кашгарию (Восточный Туркестан), которую в противоположность территории узбекского ханства — «Великая Бухария» — стали называть «Малой Бухарией».
Термины «Великая» и «Малая Бухария» употреблялись в русской научной литературе еще в первой трети XIX века. Но в конце концов под влиянием трудов английских исследователей «Великая» и «Малая Бухария» были заменены в середине XIX в. терминами «Западный» и «Восточный Туркестан». При этом под «Восточным Туркестаном» в западноевропейской и русской научной литературе имелось в виду «