К тексту «Бахр ал-асрар» обращались многие востоковеды, но до последнего времени никто не ставил перед собой задачи сделать сочинение Махмуда б. Вали темой отдельного исследования. Лишь в 2001 г. энергичный и талантливый выпускник магистратуры Восточного факультета СПбГУ А. К. Алексеев взял на себя труд написать историю Средней Азии при Аштарханидах по сочинению Махмуда б. Вали «Бахр ал-асрар».
Известно, что уроженец Балха Махмуд б. Вали был не только современником падения династии Шибанидов Мавераннахра и прихода к власти в Бухаре новой династии, но также — это очень важно здесь — дворцовым библиотекарем и историографом двора первых Аштарханидов. Именно в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар», специально посвященной потомкам Джучида Тукай-Тимура, от которого вели свой род бухарские ханы так называемой Астраханской династии (Аштарханиды), следовало ожидать найти ответ на те спорные вопросы. Ожидания оправдались. Действительно в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар» подробно освещаются обстоятельства создания Тукайтимуридами собственного государства в Мавераннахре и Северном Афганистане.
Согласно известиям Махмуда б. Вали, династические распри продолжались несколько лет. Наконец, и Шибаниды и Тукайтимуриды Мавераннахра собрали все наличные силы и в последний раз сразились в местности Баг-и Шимал в окрестностях Самарканда в 1601 г. Предводитель войска Аштарханидов Баки-Мухаммад опрокинул центр армии противника и «айаты победы и триумфа появились на скрижалях счастливых царевичей из рода Тукай-Тимура». Предводитель Шибанидов Пир-Мухаммад был ранен и захвачен в плен; через некоторое время он был казнен по приказу Баки-Мухаммада. Аштарханиды преследовали беспорядочно отступавших бухарцев и захватили большую добычу. Шибаниды Мавераннахра рассеялись кто куда и уже не представляли военной угрозы.
Столь полный разгром Шибанидов под Самаркандом Махмуд б. Вали заключает памятной фразой: «Поскольку дела Шибанидов в Мавераннахре на этом закончились, заботами управления (страной) занялись Тукай-Тимуриды».
После судьбоносной победы 1601 г. старшим ханом был объявлен Аштарханид Йар-Мухаммад, но он отказался ханствовать, сославшись на пожилой возраст, и добровольно передал власть своему старшему сыну Джани-Мухаммад-султану [Алексеев, 2004, с. 127–130; Алексеев, 2004а, с. 21–22].
Таким образом, отныне мы можем вполне обоснованно утверждать, что переход власти от Шибанидов Мавераннахра к Аштарханидов имел место в 1601 г., а первым ханом новой династии был Джани-Мухаммад-султан (правил в 1601–1603).