Со второй половины XVII века в Бухарском ханстве наблюдается ослабление ханской власти и чрезвычайное усиление власти глав узбекских-дештских племен и родов. Правительственная власть все больше сосредоточивалась в Бухаре, а отдельные местности перешли во власть главарей отдельных узбекских родов, и главари этих кочевых родов из ханских наместников сделались наследственными удельными хакимами. Так постепенно в Бухарском ханстве установилась та удельная система, которая была в Западном Туркестане в XIV веке до Тимура (правил в 1370–1405 гг.), когда распределение областей-уделов в стране происходило не между представителями правящего рода, а между главами сильных кочевых родов [Бартольд, т. 5, с. 187–188][20].
Главы узбекских родов и племен, представлявшие военную аристократию страны, с аталыком во главе, нередко пользовались членами ханского рода Аштарханидов, как орудием для достижения своих политических целей. Борьба с такими удельными правителями-биями заставила Надир-Мухаммада (правил в 1642–1645 гг.) уступить место своему наследнику, а воля Субхан-Кули-хана (правил в 1680–1702 гг.), который назначил своим преемником Мухаммад-Муким-султана, не была выполнена вообще и эмиры, вопреки завещанию хана, возвели на престол Убайдулла-султана (правил в 1702 1711 гг.).
Убайдулла-хан был последним Аштарханидом, пытавшимся поставить предел своеволию главарей узбекских родов и усилить ханскую власть; поэтому все правление этого хана прошло в непрерывных войнах с главарями узбекских родов и племен — кунгратов, найман, кенегесов, мангытов, хитай-кипчаков и т. п. В результате против Убайдуллы составился заговор, хан был схвачен и убит. На престол Бухары был возведен его брат Абу-л-Файз-султаи (правил в 1711–1747 гг.), который стал игрушкой в руках военной аристократии. Центральная власть окончательно потеряла свое значение, управление страной почти полностью перешло в руки аталыка Мухаммад-Хаким-бия из племени мангыт. Ханство распалось на отдельные самостоятельные области.
Таким положением Бухары воспользовался завоеватель из Ирана Надир-шах (правил в 1736–1747 гг.), который в 1740 году захватил Бухару и оттуда выступил в поход на Хорезм.
После превращения Бухары в вассальное владение персидского шаха вся государственная власть фактически была сосредоточена в руках ставленника Надир-шаха, аталыка Мухаммад-Хакима из племени мангыт, который на персидский манер принял титул амир-и кабир («Великий эмир»). После смерти Мухаммад-Хаким-бия выделился его сын Мухаммад-Рахим, которому был присвоен титул